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- PDB-1ukl: Crystal structure of Importin-beta and SREBP-2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ukl
タイトルCrystal structure of Importin-beta and SREBP-2 complex
要素
  • Importin beta-1 subunit
  • Sterol regulatory element binding protein-2
キーワードPROTEIN TRANSPORT/DNA BINDING PROTEIN / Transcription factor / Nuclear transport factor / HEAT repeat / Helix-Loop-Helix Leucine zipper / PROTEIN TRANSPORT-DNA BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP-Insig complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RNA import into nucleus / positive regulation of cholesterol storage / Interferon alpha/beta signaling / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network ...Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP-Insig complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / RNA import into nucleus / positive regulation of cholesterol storage / Interferon alpha/beta signaling / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / negative regulation of cholesterol efflux / SREBP signaling pathway / importin-alpha family protein binding / astral microtubule organization / regulation of mitophagy / regulation of Notch signaling pathway / establishment of mitotic spindle localization / cellular response to laminar fluid shear stress / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal protein import into nucleus / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / mitotic metaphase chromosome alignment / Maturation of hRSV A proteins / E-box binding / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / mitotic spindle assembly / Neutrophil degranulation / cholesterol metabolic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Hsp90 protein binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / ER to Golgi transport vesicle membrane / PPARA activates gene expression / small GTPase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / sequence-specific double-stranded DNA binding / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / HEAT repeat profile. ...Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit beta-1 / Sterol regulatory element-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, S.J. / Sekimoto, T. / Yamashita, E. / Nagoshi, E. / Nakagawa, A. / Imamoto, N. / Yoshimura, M. / Sakai, H. / Tsukihara, T. / Yoneda, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: The Structure of Importin-beta Bound to SREBP-2: Nuclear Import of a Transcription Factor
著者: Lee, S.J. / Sekimoto, T. / Yamashita, E. / Nagoshi, E. / Nakagawa, A. / Imamoto, N. / Yoshimura, M. / Sakai, H. / Chong, K.T. / Tsukihara, T. / Yoneda, Y.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin beta-1 subunit
B: Importin beta-1 subunit
C: Sterol regulatory element binding protein-2
D: Sterol regulatory element binding protein-2
E: Sterol regulatory element binding protein-2
F: Sterol regulatory element binding protein-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,6526
ポリマ－223,6526
非ポリマー00
水00
1
A: Importin beta-1 subunit
C: Sterol regulatory element binding protein-2
D: Sterol regulatory element binding protein-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8263
ポリマ－111,8263
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Importin beta-1 subunit
E: Sterol regulatory element binding protein-2
F: Sterol regulatory element binding protein-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8263
ポリマ－111,8263
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.092, 113.285, 240.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin beta-1 subunit / Importin-beta


分子量: 97271.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P70168
#2: タンパク質
Sterol regulatory element binding protein-2 / SREBP-2


分子量: 7277.164 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 343-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q12772
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 8000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMMES1reservoirpH6.6
25-6 %PEG80001reservoir
330 mM1reservoirSrCl2
420 %glycerol1reservoir
550 mMMES1droppH6.6
65-6 %PEG80001drop
730 mM1dropSrCl2
810 %glycerol1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9794
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9796
検出器
タイプID検出器日付
Bruker DIP-60401CCD2002年11月24日
Bruker DIP-60402CCD2002年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
反射解像度: 3→80 Å / Num. obs: 105485 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 93.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
最低解像度: 80 Å / Num. obs: 55607
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Num. unique obs: 5720 / Rmerge(I) obs: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1QGK, 1AM9

1qgk

1am9


解像度: 3→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2985930.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 5259 5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs-105485 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.0847 Å2 / ksol: 0.258279 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 105.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å20 Å20 Å2
2--5.22 Å20 Å2
3----7.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15606 0 0 0 15606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 875 5.1 %
Rwork0.34 16333 -
obs--97.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.296 / Rfactor Rwork: 0.237
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.427
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.07
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.389 / Rfactor Rwork: 0.352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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