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- PDB-1uj0: Crystal Structure of STAM2 SH3 domain in complex with a UBPY-deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uj0
タイトルCrystal Structure of STAM2 SH3 domain in complex with a UBPY-derived peptide
要素
  • deubiquitinating enzyme UBPY
  • signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2
キーワードSIGNALING PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / STAM / SH3 / deubiquitinating enzyme / Grb2 / Gads / PXXP / Hrs / endocytosis / early endosome / SIGNALING PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / RHOU GTPase cycle / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of MET activity / Regulation of FZD by ubiquitination / EGFR downregulation / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / endosome organization ...Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / RHOU GTPase cycle / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of MET activity / Regulation of FZD by ubiquitination / EGFR downregulation / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / endosome organization / Clathrin-mediated endocytosis / protein K48-linked deubiquitination / Ub-specific processing proteases / protein K63-linked deubiquitination / mitotic cytokinesis / endocytic vesicle / protein deubiquitination / phosphatidylinositol binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / ubiquitin binding / regulation of protein stability / SH3 domain binding / protein transport / regulation of protein localization / early endosome membrane / midbody / ubiquitinyl hydrolase 1 / Ras protein signal transduction / cysteine-type deubiquitinase activity / dendritic spine / postsynaptic density / endosome membrane / glutamatergic synapse / signal transduction / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAM2, SH3 domain / : / : / USP8 WW domain / : / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. ...STAM2, SH3 domain / : / : / USP8 WW domain / : / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / : / Ubiquitin interaction motif / Rhodanese Homology Domain / ENTH/VHS / Rhodanese-like domain / Ubiquitin-interacting motif. / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / SH3 Domains / SH3 domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / : / Signal transducing adapter molecule 2 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kaneko, T. / Kumasaka, T. / Ganbe, T. / Sato, T. / Miyazawa, K. / Kitamura, N. / Tanaka, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural insight into modest binding of a non-PXXP ligand to the signal transducing adaptor molecule-2 Src homology 3 domain.
著者: Kaneko, T. / Kumasaka, T. / Ganbe, T. / Sato, T. / Miyazawa, K. / Kitamura, N. / Tanaka, N.
履歴
登録2003年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2
B: deubiquitinating enzyme UBPY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4393
ポリマ－8,3442
非ポリマー951
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.454, 48.454, 58.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 signal transducing adaptor molecule (SH3 domain and ITAM motif) 2 / STAM2 SH3 domain


分子量: 7059.673 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 200-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88811
#2: タンパク質・ペプチド deubiquitinating enzyme UBPY / UBPY-derived peptide


分子量: 1284.483 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 699-709 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Mus musculus (mouse).
参照: GenBank: 11414862, UniProt: Q80U87*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08M Sodium Phosphate monobasic, 1.92M Potassium phosphate dibasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.6 mg/mlprotein1drop
20.08 Msodium phosphate1reservoir
31.92 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月2日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.1 Å / Num. obs: 8501 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→34.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.525 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22966 898 10.6 %RANDOM
Rwork0.21458 ---
all0.2163 8500 --
obs0.2163 7602 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.802 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20.29 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数548 0 5 64 617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021565
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.924764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.23565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4581.5333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.582534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3833232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3524.5230
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.698→1.742 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 57
Rwork0.301 561
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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