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- PDB-1uh0: Crystal structure of jacalin- Me-alpha-GalNAc complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uh0
タイトルCrystal structure of jacalin- Me-alpha-GalNAc complex
要素
  • Agglutinin alpha chain
  • Agglutinin beta-3 chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / All beta sheet protein / Beta-prism I fold / Gal specific
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MGC / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of the Carbohydrate Specificities of Jacalin: An X-ray and Modeling Study
著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes
著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold
著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2003年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93612
ポリマ－66,9958
非ポリマー9414
水1,964109
1
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93612
ポリマ－66,9958
非ポリマー9414
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area13650 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA, PQS
2
E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,93612
ポリマ－66,9958
非ポリマー9414
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area13620 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23810 Å2
手法PISA, PQS
3
A: Agglutinin alpha chain
B: Agglutinin beta-3 chain
C: Agglutinin alpha chain
D: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子

E: Agglutinin alpha chain
F: Agglutinin beta-3 chain
G: Agglutinin alpha chain
H: Agglutinin beta-3 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,90418
ポリマ－100,49312
非ポリマー1,4116
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_664-x+y+1,-x+1,z-2/31
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
Buried area24670 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area50200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.811, 129.811, 158.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Agglutinin alpha chain / Jacalin alpha chain


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: UniProt: P18670
#2: タンパク質・ペプチド
Agglutinin beta-3 chain / Jacalin beta-3 chain


分子量: 2075.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: UniProt: P18673
#3: 糖
ChemComp-MGC / methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranoside / ALPHA-METHYL-N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-D-galactoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-galactoside / メチル2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-ガラクトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 235.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAc[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-N-acetyl-a-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-methyl-N-acetyl-D-galactosamineIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 4000, NaCl, sodium azide, phosphate buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.02 Mphosphate1droppH7.3
30.1 M1dropNaCl
40.025 %(w/v)sodium azide1drop
58-10 %PEG40001drop
640 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic mirror
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 19864 / Num. obs: 19864 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 49.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Num. unique all: 1944 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 113368
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 99.6 % / Num. unique obs: 1944 / Rmerge(I) obs: 0.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JAC

1jac


解像度: 2.8→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 154416.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 769 3.9 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 19485 97.5 %-
all-19485 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.8923 Å2 / ksol: 0.34809 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å26.59 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 64 109 4757
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.03
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.362.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 128 4.1 %
Rwork0.289 2987 -
obs--95.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CIS1.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5MGN_PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.03

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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