[日本語] English
万見
- PDB-1m26: Crystal structure of jacalin-T-antigen complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m26
タイトルCrystal structure of jacalin-T-antigen complex
要素
  • Jacalin, alpha chain
  • Jacalin, beta chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PLANT PROTEIN / All beta sheet protein / beta prism I fold
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / : / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-3 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Artocarpus integer (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Surolia, A. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexs
著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold
著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2002年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / diffrn_source / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Jacalin, alpha chain
B: Jacalin, beta chain
C: Jacalin, alpha chain
D: Jacalin, beta chain
E: Jacalin, alpha chain
F: Jacalin, beta chain
G: Jacalin, alpha chain
H: Jacalin, beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,86312
ポリマ－65,3298
非ポリマー1,5334
水8,953497
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14630 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.92, 78.00, 67.91
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.73, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細Biological molecule is a tetramer. There is one tetramer in the assymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Jacalin, alpha chain / AGGLUTININ ALPHA CHAIN


分子量: 14673.479 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 85-217 of GB sequence entry AA32678 / 由来タイプ: 天然
詳細: synonymous scientific name: Artocarpus heterophyllus
由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: GenBank: 289162, UniProt: P18670*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Jacalin, beta chain / AGGLUTININ BETA CHAIN


分子量: 1658.874 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 64-78 of GB sequence entry AA32678 / 由来タイプ: 天然
詳細: synonymous scientific name: Artocarpus heterophyllus
由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds / 参照: GenBank: 289162, UniProt: P18673*PLUS
#3: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 4000, 0.02M phosphate buffer at pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細 (eV)化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.02 Mphosphate1droppH7.3
30.1 M1dropNaCl
40.025 %(w/v)sodium azide1drop
58-10 %(w/v)PEG40001drop
640 %PEG40001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→19.58 Å / Num. all: 76669 / Num. obs: 74262 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. unique all: 3714 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 188335
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / Num. unique obs: 3714 / Rmerge(I) obs: 0.289

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
AUTOMARデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JAC

1jac


解像度: 1.62→19.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3787 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 74262 96.7 %-
all-76669 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5119 Å2 / ksol: 0.345509 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.99 Å20 Å2-0.61 Å2
2--6.74 Å20 Å2
3----3.74 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.21 Å / Luzzati sigma a free: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→19.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4584 0 104 497 5185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.891.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.372.5
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 675 5.5 %
Rwork0.291 11692 -
obs--97.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMTAN.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.69

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る