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- PDB-1jot: STRUCTURE OF THE LECTIN MPA COMPLEXED WITH T-ANTIGEN DISACCHARIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jot
タイトルSTRUCTURE OF THE LECTIN MPA COMPLEXED WITH T-ANTIGEN DISACCHARIDE
要素(AGGLUTININ) x 2
キーワードLECTIN / MULTI-WAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION (MAD) / T-ANTIGEN / MACLURA POMIFERA / BETA PRISM
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thomsen-Friedenreich antigen / Agglutinin alpha chain / Agglutinin beta-2 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Maclura pomifera (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, X. / Thompson, A. / Zhang, Z. / Hoa, T.-T. / Biesterfeldt, J. / Ogata, C. / Xu, L. / Johnston, R.A.Z. / Young, N.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Structure of the complex of Maclura pomifera agglutinin and the T-antigen disaccharide, Galbeta1,3GalNAc.
著者: Lee, X. / Thompson, A. / Zhang, Z. / Ton-that, H. / Biesterfeldt, J. / Ogata, C. / Xu, L. / Johnston, R.A. / Young, N.M.
履歴
登録1997年12月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2963
ポリマ－16,9132
非ポリマー3831
水1,63991
1
A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
ヘテロ分子

A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
ヘテロ分子

A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
ヘテロ分子

A: AGGLUTININ
B: AGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,18512
ポリマ－67,6528
非ポリマー1,5334
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area15850 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)67.600, 67.600, 149.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ


分子量: 14768.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM THE SEEDS OF THE MORACEAE PLANT FAMILY / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P18674
#2: タンパク質・ペプチド AGGLUTININ


分子量: 2144.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM THE SEEDS OF THE MORACEAE PLANT FAMILY / 由来: (天然) Maclura pomifera (植物) / 器官: SEEDS / 参照: UniProt: P18676
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / Thomsen-Friedenreich antigen


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: Thomsen-Friedenreich antigen
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CONVENTIONAL VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROP. 1.0M OF LITHIUM SULFATE BUFFERED WITH 0.2 SODIUM CITRATE AT PH4.5 IN RESERVOIR DROPS MADE OF 15 MICROLITERS OF PROTEIN SOLUTION (10.0 MG/ML) AND ...詳細: CONVENTIONAL VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROP. 1.0M OF LITHIUM SULFATE BUFFERED WITH 0.2 SODIUM CITRATE AT PH4.5 IN RESERVOIR DROPS MADE OF 15 MICROLITERS OF PROTEIN SOLUTION (10.0 MG/ML) AND EQUAL VOLUMN OF RESERVOIR SOLUTION. ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5434
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年7月1日
放射モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5434 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 10135 / % possible obs: 93.9999 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 7.84
反射 シェル解像度: 2.2→3.99 Å
反射
*PLUS
% possible obs: 93.5 % / Num. measured all: 98232

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.85モデル構築
X-PLOR3.85精密化
ソフトウェアCAME WITH THE DETECTORデータ削減
HAMLINデータスケーリング
X-PLOR3.85位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OBTAINED FROM MAD

解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 516 7.5 %YES
Rwork0.172 ---
obs0.172 9636 93.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1166 0 26 91 1283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.302
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d29.34
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.656
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor反射数
Rfree0.291 45
Rwork0.236 1006
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.854 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg29.34
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.656
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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