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- PDB-1ue2: Crystal structure of d(GC38GAAAGCT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ue2
タイトルCrystal structure of d(GC38GAAAGCT)
要素5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
キーワードDNA / base-intercalated duplex / mini-hairpin structure / sheared G:A pair / zipper-like duplex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / HEAVY-ATOM METHOD / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanaba, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of d(GCGAAAGC) (hexagonal form): a base-intercalated duplex as a stable structure.
著者: Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K.I. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年10月22日Group: Derived calculations
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1124
ポリマ－2,8911
非ポリマー2213
水97354
1
A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2238
ポリマ－5,7812
非ポリマー4426
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)36.736, 36.736, 64.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-10-

CL

21A-766-

NCO

31A-774-

HOH

41A-775-

HOH

51A-776-

HOH

61A-777-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*(C38)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 2890.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2,6-diaminopyridine, magnesium chloride, sodium chloride, hexaamminecobalt(III) chloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, MEGA-10, sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12,6-diaminopyridine11
2magnesium chloride11
3sodium chloride11
4hexaamminecobalt(III) chloride11
52-methyl-2,4-pentanediol11
6MEGA-1011
7sodium cacodylate11
82,6-diaminopyridine12
9magnesium chloride12
10sodium chloride12
11hexaamminecobalt(III) chloride12
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12 mMDNA1drop
29 mM2,6-diaminopyridine1drop
320 mM1reservoirMgCl2
480 mM1reservoirNaCl
530 mM1reservoirCo(HN3)6Cl3
620 %MPD1reservoir
70.17 %n-decanoyl-N-methylglucamide1reservoir
840 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
91
101
111

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→18 Å / Num. all: 5562 / Num. obs: 5553 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 546817
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: HEAVY-ATOM METHOD / 解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON ET AL., (1996) ACTACRYST. D52, 57-64
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2357 613 RANDOM
Rwork0.2091 --
all-5512 -
obs-5111 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 168 5 54 227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.45 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3202 54
Rwork0.2336 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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