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万見
- PDB-2j5h: NMR analysis of mouse CRIPTO CFC domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5h
タイトルNMR analysis of mouse CRIPTO CFC domain
要素TERATOCARCINOMA-DERIVED GROWTH FACTOR
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / GROWTH FACTOR / EGF-CFC FAMILY / CRIPTO / TUMOUR PROGRESSION / CYSTEINE-RICH DOMAINS / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nodal binding / type I activin receptor binding / nodal signaling pathway / regulation of fibroblast migration / morphogenesis of a branching structure / anterior/posterior axis specification, embryo / Wnt-protein binding / cardiac muscle cell differentiation / anterior/posterior axis specification / positive regulation of cell-matrix adhesion ...nodal binding / type I activin receptor binding / nodal signaling pathway / regulation of fibroblast migration / morphogenesis of a branching structure / anterior/posterior axis specification, embryo / Wnt-protein binding / cardiac muscle cell differentiation / anterior/posterior axis specification / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of signal transduction / vasculogenesis / coreceptor activity / side of membrane / gastrulation / growth factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of fibroblast proliferation / heart development / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / cell differentiation / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Teratocarcinoma-derived growth factor Cripto / Cryptic/Cripto, CFC domain / Cripto_Frl-1_Cryptic (CFC) / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Teratocarcinoma-derived growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Calvanese, L. / Saporito, A. / Marasco, D. / D'Auria, G. / Minchiotti, G. / Pedone, C. / Paolillo, L. / Falcigno, L. / Ruvo, M.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of mouse Cripto CFC domain and its inactive variant Trp107Ala.
著者: Calvanese, L. / Saporito, A. / Marasco, D. / D'Auria, G. / Minchiotti, G. / Pedone, C. / Paolillo, L. / Falcigno, L. / Ruvo, M.
履歴
登録2006年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TERATOCARCINOMA-DERIVED GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4661
ポリマ－4,4661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TERATOCARCINOMA-DERIVED GROWTH FACTOR / CRIPTO / EPIDERMAL GROWTH FACTOR-LIKE CRIPTO PROTEIN / CRIPTO GROWTH FACTOR


分子量: 4466.311 Da / 分子数: 1 / 断片: CRIPTO DOMAIN, RESIDUES 96-134 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THREE DISULFIDE BRIDGES / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51865
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121NOESY
131DQFCOSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D NMR ON UNLABELLED SAMPLE

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試料調製

詳細内容: 90%WATER/10%D2O
試料状態pH: 6 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCASE,PEARLMAN,ET. AL.精密化
NMRVIEW;DYANA;AMBER構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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