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- PDB-1u9m: Crystal structure of F58W mutant of cytochrome b5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u9m
タイトルCrystal structure of F58W mutant of cytochrome b5
要素Cytochrome b5
キーワードELECTRON TRANSPORT / hemoprotein / F58Y and F58W mutants / conformational changes / aromatic-aromatic interactions / structure-function relationship
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shan, L. / Lu, J.-X. / Gan, J.-H. / Wang, Y.-H. / Huang, Z.-X. / Xia, Z.-X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of the F58W mutant of cytochrome b5: the mutation leads to multiple conformations and weakens stacking interactions.
著者: Shan, L. / Lu, J.X. / Gan, J.H. / Wang, Y.H. / Huang, Z.X. / Xia, Z.X.
履歴
登録2004年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b5
B: Cytochrome b5
C: Cytochrome b5
D: Cytochrome b5
E: Cytochrome b5
F: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,78512
ポリマ－57,0866
非ポリマー3,6996
水2,702150
1
A: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1312
ポリマ－9,5141
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.044, 87.484, 138.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome b5


分子量: 9514.416 Da / 分子数: 6 / 断片: trypsin-solubilized fragment / 変異: F58W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: PU19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00171
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: phosphate buffer, dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97891 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 45329 / Num. obs: 40502 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.571 / Num. unique all: 4494 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1EHB

1ehb


解像度: 2→35.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 230984.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 3877 10.2 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 38189 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.8144 Å2 / ksol: 0.360604 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.15 Å20 Å20 Å2
2---10.98 Å20 Å2
3---6.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 258 150 4488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.541.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.422.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 391 10.7 %
Rwork0.269 3268 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X.HEMHEME.TOP
X-RAY DIFFRACTION4&_1_PARAMETER_INFILE_4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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