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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u5e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a N-terminal Fragment of SKAP-Hom Containing Both the Helical Dimerization Domain and the PH Domain | ||||||
要素 | Src-associated adaptor protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Novel Dimerization Domain / PH Domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signal regulatory protein family interactions / B cell activation / negative regulation of cell population proliferation / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, Y. / Swanson, K.D. / Neel, B.G. / Eck, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Basis for the Dimerization and Phosphoinositide Specificity of the Src Kinase-associated Phosphoproteins SKAP55 and SKAP-Hom 著者: Tang, Y. / Swanson, K.D. / Neel, B.G. / Eck, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u5e.cif.gz | 83.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u5e.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1u5e_validation.pdf.gz | 444 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1u5e_full_validation.pdf.gz | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1u5e_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1u5e_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/1u5e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Biological dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24171.980 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Fragment, residues 12-222 / 変異: P12G, L13S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: SCAP2 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z2K4, UniProt: Q3UND0*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: PEG 4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2003年10月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→35 Å / Num. all: 16284 / Num. obs: 15738 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1075 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: The PH Domain of SKAP-Hom, PDB entry 1u5g 解像度: 2.6→35 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å
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