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- PDB-1u2h: X-ray Structure of the N-terminally truncated human APEP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u2h
タイトルX-ray Structure of the N-terminally truncated human APEP-1
要素Aortic preferentially expressed protein 1
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Structural Genomics / Ig-fold I-set / RGD motif / Homophilic Adhesion / Arterial Smooth Muscle Cells / Atherosclerosis
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle cell differentiation / muscle organ development / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on SPEG complex protein / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Unstructured region on SPEG complex protein / : / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Striated muscle preferentially expressed protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Manjasetty, B.A. / Scheich, C. / Roske, Y. / Niesen, F.H. / Gotz, F. / Bussow, K. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of engineered human Aortic Preferentially Expressed Protein-1 (APEG-1)
著者: Manjasetty, B.A. / Niesen, F.H. / Scheich, C. / Roske, Y. / Gotz, F. / Behlke, J. / Sievert, V. / Heinemann, U. / Bussow, K.
履歴
登録2004年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aortic preferentially expressed protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1371
ポリマ－11,1371
非ポリマー00
水2,702150
1
A: Aortic preferentially expressed protein 1

A: Aortic preferentially expressed protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2732
ポリマ－22,2732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)81.541, 25.522, 42.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Aortic preferentially expressed protein 1 / APEG-1


分子量: 11136.670 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PSF CLONE ID 111408 and RZPD ID PSFEp250B117 / 遺伝子: Arotic Preferentially Expressed Gene 1 / プラスミド: pRARE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 / 参照: UniProt: Q15772
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG MME 2000, 200mM (NH4)2SO4, 100mM Na Acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→20 Å / Num. all: 183130 / Num. obs: 46733 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 0.96→0.98 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 1651 / Rsym value: 0.16 / % possible all: 47.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISS MODEL (PDB ENTRIES 1FHG, 1BIH, 1CS6)

1fhg

1bih

1cs6


解像度: 0.96→5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 0.569 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17213 2384 5.1 %RANDOM
Rwork0.16053 ---
obs0.16113 43956 89.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.249 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å2-0.38 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数766 0 0 150 916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022778
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.9541046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg331693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.654595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.67621.90542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53415140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4181514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.2740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3230.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9171.5513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6711.5196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3872767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.943324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8084.5279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.30231667
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.0133152
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.15731499
LS精密化 シェル解像度: 0.96→0.984 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 96 -
Rwork0.212 1699 -
obs--48.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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