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- PDB-1u1v: Structure and function of phenazine-biosynthesis protein PhzF fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u1v
タイトルStructure and function of phenazine-biosynthesis protein PhzF from Pseudomonas fluorescens 2-79
要素Phenazine biosynthesis protein phzF
キーワードISOMERASE / LYASE / phenazine biosynthesis / open form / acid/base catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase / trans-2,3-dihydro-3-hydroxy-anthranilate isomerase activity / phenazine biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trans-2,3-dihydro-3-hydroxyanthranilate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure and function of the phenazine biosynthetic protein PhzF from Pseudomonas fluorescens.
著者: Blankenfeldt, W. / Kuzin, A.P. / Skarina, T. / Korniyenko, Y. / Tong, L. / Bayer, P. / Janning, P. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein phzF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9634
ポリマ－32,6791
非ポリマー2843
水5,963331
1
A: Phenazine biosynthesis protein phzF
ヘテロ分子

A: Phenazine biosynthesis protein phzF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9268
ポリマ－65,3572
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.260, 56.260, 156.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-528-

HOH

21A-611-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein phzF


分子量: 32678.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: phzF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys S / 参照: UniProt: Q51792
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium Sulphate, 10% (w/v) PEG 3350, pH 5.6, temperature 292K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月12日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 31965 / Num. obs: 31965 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 15.3 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.425 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15338 1633 5.1 %RANDOM
Rwork0.12967 ---
obs0.1309 30304 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.1 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2119 0 16 331 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0212220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9523021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91834767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1065277
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2570.22392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3550.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9631.51392
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76522248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.163828
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0444.5773
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.173 102
Rwork0.149 1859
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.266 Å / Origin y: 22.212 Å / Origin z: 16.474 Å
111213212223313233
T0.0329 Å2-0.0087 Å2-0.0075 Å2-0.0063 Å20.0105 Å2--0.0203 Å2
L0.0211 °2-0.087 °20.006 °2-0.3854 °2-0.1775 °2--0.1697 °2
S-0.0057 Å °-0.0033 Å °-0.0066 Å °-0.0132 Å °0.0091 Å °0.0192 Å °0.0002 Å °0.0001 Å °-0.0034 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 27821 - 298
2X-RAY DIFFRACTION1AB - C401 - 4021
3X-RAY DIFFRACTION1AD5011

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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