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万見
- PDB-1ty4: Crystal structure of a CED-9/EGL-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ty4
タイトルCrystal structure of a CED-9/EGL-1 complex
要素
  • Apoptosis regulator ced-9
  • EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator
キーワードAPOPTOSIS / CED-9 / EGL-1 / Bcl-2 family proteins / recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / regulation of development, heterochronic / positive regulation of apoptotic process involved in development / positive regulation of synapse pruning / positive regulation of mitochondrial fusion / apoptotic process involved in development / actin filament depolymerization / negative regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of programmed cell death ...BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / regulation of development, heterochronic / positive regulation of apoptotic process involved in development / positive regulation of synapse pruning / positive regulation of mitochondrial fusion / apoptotic process involved in development / actin filament depolymerization / negative regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of programmed cell death / apoptotic mitochondrial changes / regulation of synapse organization / organelle membrane / negative regulation of protein-containing complex assembly / mitophagy / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / endomembrane system / GTPase activator activity / protein sequestering activity / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / protein processing / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / presynapse / channel activity / defense response to Gram-negative bacterium / perikaryon / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death activator EGL-1 / Programmed cell death activator EGL-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. ...Programmed cell death activator EGL-1 / Programmed cell death activator EGL-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death activator egl-1 / Apoptosis regulator ced-9
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yan, N. / Gu, L. / Kokel, D. / Xue, D. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structural, Biochemical, and Functional Analyses of CED-9 Recognition by the Proapoptotic Proteins EGL-1 and CED-4
著者: Yan, N. / Gu, L. / Kokel, D. / Chai, J. / Li, W. / Han, A. / Chen, L. / Xue, D. / Shi, Y.
履歴
登録2004年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator ced-9
B: Apoptosis regulator ced-9
C: EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator
D: EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5324
ポリマ－53,5324
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Apoptosis regulator ced-9
C: EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7662
ポリマ－26,7662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA, PQS
3
B: Apoptosis regulator ced-9
D: EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7662
ポリマ－26,7662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.713, 93.713, 57.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator ced-9 / Cell death protein 9


分子量: 20315.746 Da / 分子数: 2 / 断片: BH1,BH2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ced-9,T07C4.8 / プラスミド: pGEX-2T,pBB75 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41958
#2: タンパク質 EGg Laying defective EGL-1, programmed cell death activator


分子量: 6450.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: pGEX-2T,pBB75 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O61667
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: sodium cacodylate, isopropanol, magnesium acatate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99 Å / Num. all: 25502 / Num. obs: 25359 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.084
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rsym value: 0.495 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 2458 RANDOM
Rwork0.212 --
all0.22 25502 -
obs0.22 24864 -
溶媒の処理Bsol: 45.3891 Å2 / ksol: 0.348538 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.146 Å20 Å20 Å2
2---3.146 Å20 Å2
3---6.292 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3069 0 0 67 3136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.2991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.0022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.5272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. reflection obs: 2514
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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