ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB CNS1.1 精密化 Show HKL-2000データ削減 SCALEPACKデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1CD3解像度 : 3.31→49.09 Å / Rfactor Rfree error : 0.009 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.31 1089 10.1 % random Rwork 0.271 - - - all 0.271 11395 - - obs 0.28 10742 94.3 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : bulk solvent / Bsol : 23.6913 Å2 / ksol : 0.288625 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 79.15 Å2 / Biso mean : 22.44 Å2 / Biso min : 3.92 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.14 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -3.14 Å2 0 Å2 3- - - 6.28 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.53 Å 0.42 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.69 Å 0.6 Å Luzzati d res high - 3.31
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.31→49.09 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2125 0 0 0 2125
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.01 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.5 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_deg20.5 X-RAY DIFFRACTION x_torsion_impr_deg0.85
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 8
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree % reflection Rfree (%)Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Rfactor Rfree error Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)3.31-3.46 0.38 107 9.1 0.367 1069 0.037 1392 1176 84.5 3.46-3.64 0.407 111 8.9 0.306 1141 0.039 1387 1252 90.2 3.64-3.87 0.304 157 11.8 0.281 1171 0.024 1394 1328 95.3 3.87-4.17 0.28 125 9.4 0.224 1206 0.025 1394 1331 95.5 4.17-4.59 0.252 130 9.4 0.215 1252 0.022 1426 1382 96.8 4.59-5.25 0.266 147 10.8 0.224 1216 0.022 1412 1363 96.5 5.25-6.62 0.338 131 9.3 0.303 1282 0.029 1456 1413 97 6.62-49.09 0.321 181 12.1 0.298 1316 0.024 1543 1497 97
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION 2 carbohydrate.paramcarbohydrate.top