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- PDB-1tvq: Crystal Structure of Apo Chicken Liver Basic Fatty Acid Binding P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tvq
タイトルCrystal Structure of Apo Chicken Liver Basic Fatty Acid Binding Protein (or Bile Acid Binding Protein)
要素Fatty acid-binding protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lb-FABP / FABP / BABP / INTRACELLULAR BILE ACID-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nichesola, D. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Righetti, P.G. / Monaco, H.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of chicken liver basic Fatty Acid-binding protein complexed with cholic acid
著者: Nichesola, D. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Righetti, P.G. / Monaco, H.L.
#1: ジャーナル: MOL.CELL.BIOCHEM. / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Chicken Liver Basic Fatty Acid-Binding Protein at 2.7 A Resolution
著者: Scapin, G. / Spadon, P. / Mammi, M. / Zanotti, G. / Monaco, H.L.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1988
タイトル: Chicken liver basic fatty acid-binding protein (pI = 9.0). Purification, crystallization and preliminary X-ray data
著者: Scapin, G. / Spadon, P. / Pengo, L. / Mammi, M. / Zanotti, G. / Monaco, H.L.
履歴
登録2004年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1001
ポリマ－14,1001
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.485, 60.340, 65.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein / L-FABP / Liver basic FABP / LB- FABP / Bile Acid-Binding Protein


分子量: 14100.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Liver / 参照: UniProt: P80226
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microgravity / pH: 7.5
詳細: IMIDAZOLE, PEG 6000, pH 7.5, MICROGRAVITY, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月12日 / 詳細: Three-segment Pt-coated toroidal
放射モノクロメーター: Double Crystal (Si111, Si220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 60486 / Num. obs: 60486 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 22.84 Å2 / Rsym value: 0.047
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rsym value: 0.047 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 8119382.96 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1096 9.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.249 11035 --
obs0.233 11035 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数989 0 0 127 1116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.426
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.509
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.727
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.29 102
Rwork0.23 -
obs-1099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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