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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ttq | ||||||
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タイトル | TRYPTOPHAN SYNTHASE (E.C.4.2.1.20) IN THE PRESENCE OF POTASSIUM AT ROOM TEMPERATURE | ||||||
![]() | (TRYPTOPHAN SYNTHASE) x 2 | ||||||
![]() | CARBON-OXYGEN LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rhee, S. / Parris, K. / Ahmed, S. / Miles, E.W. / Davies, D.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Exchange of K+ or Cs+ for Na+ induces local and long-range changes in the three-dimensional structure of the tryptophan synthase alpha2beta2 complex. 著者: Rhee, S. / Parris, K.D. / Ahmed, S.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R. #1: ![]() タイトル: The Tryptophan Synthase Multienzyme Complex: Exploring Structure-Function Relationships with X-Ray Crystallography and Mutagenesis 著者: Hyde, C.C. / Miles, E.W. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Tryptophan Synthase Alpha2Beta2 Multienzyme Complex from Salmonella Typhimurium 著者: Hyde, C.C. / Ahmed, S.A. / Padlan, E.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Data of the Tryptophan Synthase Alpha2Beta2 Complex from Salmonella Typhimurium 著者: Ahmed, S.A. / Miles, E.W. / Davies, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 28 2: SER A 55 - ASP A 56 OMEGA = 148.59 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: GLY A 61 - PRO A 62 OMEGA = 216.22 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: SER A 247 - PRO A 248 OMEGA = 216.00 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: CIS PROLINE - PRO B 56 / 6: CIS PROLINE - PRO B 196 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28698.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE IN THE PRESENCE OF POTASSIUM 由来: (組換発現) ![]() 株: TB2211 / 遺伝子: TRPA/TRPB/TRPC / プラスミド: PSTH8 / 遺伝子 (発現宿主): TRPA/TRPB/TRPC / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42988.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: STRUCTURE IN THE PRESENCE OF POTASSIUM 由来: (組換発現) ![]() 株: TB2211 / 遺伝子: TRPA/TRPB/TRPC / プラスミド: PSTH8 / 遺伝子 (発現宿主): TRPA/TRPB/TRPC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00933, UniProt: P0A2K1*PLUS, tryptophan synthase |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.8 / 手法: unknown / 詳細: pH is adjusted to 7.8 with NaOH | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月27日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 39626 / % possible obs: 77.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 322940 / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 42.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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