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万見
- PDB-1trj: Homology Model of Yeast RACK1 Protein fitted into 11.7A cryo-EM m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1trj
タイトルHomology Model of Yeast RACK1 Protein fitted into 11.7A cryo-EM map of Yeast 80S Ribosome
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein beta subunit-like protein
  • Helix 39 of 18S rRNA
  • Helix 40 of 18S rRNA
キーワードSIGNALING PROTEIN / RACK1 / Ribosome / homology model
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / regulation of amino acid metabolic process / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome ...negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / regulation of amino acid metabolic process / G-protein alpha-subunit binding / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / ribosome binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.7 Å
データ登録者Sengupta, J. / Nilsson, J. / Gursky, R. / Spahn, C.M. / Nissen, P. / Frank, J.
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2004
タイトル: Identification of the versatile scaffold protein RACK1 on the eukaryotic ribosome by cryo-EM.
著者: Jayati Sengupta / Jakob Nilsson / Richard Gursky / Christian M T Spahn / Poul Nissen / Joachim Frank /
要旨: RACK1 serves as a scaffold protein for a wide range of kinases and membrane-bound receptors. It is a WD-repeat family protein and is predicted to have a beta-propeller architecture with seven blades ...RACK1 serves as a scaffold protein for a wide range of kinases and membrane-bound receptors. It is a WD-repeat family protein and is predicted to have a beta-propeller architecture with seven blades like a Gbeta protein. Mass spectrometry studies have identified its association with the small subunit of eukaryotic ribosomes and, most recently, it has been shown to regulate initiation by recruiting protein kinase C to the 40S subunit. Here we present the results of a cryo-EM study of the 80S ribosome that positively locate RACK1 on the head region of the 40S subunit, in the immediate vicinity of the mRNA exit channel. One face of RACK1 exposes the WD-repeats as a platform for interactions with kinases and receptors. Using this platform, RACK1 can recruit other proteins to the ribosome.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Release of eIF6 (p27BBP) from the 60S subunit allows 80S ribosome assembly
著者: Ceci, M. / Gaviraghi, C. / Gorrini, C. / Sala, L.A. / Offenhauser, N. / Marchisio, P.C. / Biffo, S.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Cpc2/RACK1 is a ribosome-associated protein that promotes efficient translation in Schizosaccharomyces pombe
著者: Shor, B. / Calaycay, J. / Rushbrook, J. / McLeod, M.
#3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Asc1p, a WD40-domain containing adaptor protein, is required for the interaction of the RNA-binding protein Scp160p with polysomes
著者: Baum, S. / Bittins, M. / Frey, S. / Seedorf, M.
履歴
登録2004年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE ONLY COORDINATES FOR CA ATOMS FROM THE PROTEIN AND P ATOMS FROM THE NUCLEIC ACIDS WERE ...SEQUENCE ONLY COORDINATES FOR CA ATOMS FROM THE PROTEIN AND P ATOMS FROM THE NUCLEIC ACIDS WERE INCLUDED IN THE STRUCTURE.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1067
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  • マップデータ: EMDB-1067
  • + PDB-4v4b
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Helix 39 of 18S rRNA
C: Helix 40 of 18S rRNA
A: Guanine nucleotide-binding protein beta subunit-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3493
ポリマ－56,3493
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 Helix 39 of 18S rRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 13155.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 Helix 40 of 18S rRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 8868.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein beta subunit-like protein / RACK1 protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 34324.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: QUANTIFOIL HOLLEY CARBON FILM GRIDS
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20 / 日付: 2001年2月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 52000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4900 nm
試料ホルダ温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CTF CORRECTION OF 3D MAPS BY WIENER FILTERATION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: 3D PROJECTION MATCHING GRADIENT WITH REGULARIZATION / 解像度: 11.7 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.93 Å / 倍率補正: TMV / 詳細: SPIDER PACKAGE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: METHOD--USING A RAPID MOTIF SEARCH MODULE OF SPIDER (THE CRYO-EM MAP USED FOR FITTING WAS INTERPOLATED TO PIXEL SIZE 2.82)
精密化最高解像度: 11.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 11.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数314 68 0 0 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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