PDB-1tiz: Solution Structure of a Calmodulin-Like Calcium-Binding Domain fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tiz

タイトル

Solution Structure of a Calmodulin-Like Calcium-Binding Domain from Arabidopsis thaliana

要素

calmodulin-related protein, putative

キーワード

Calcium-Binding Protein / helix-turn-helix / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics

データ登録者

Song, J. / Zhao, Q. / Thao, S. / Frederick, R.O. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2004
タイトル: Letter to the Editor: Solution structure of a calmodulin-like calcium-binding domain from Arabidopsis thaliana
著者: Song, J. / Zhao, Q. / Thao, S. / Frederick, R.O. / Markley, J.L.

履歴

登録	2004年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tiz.cif.gz	409.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tiz.ent.gz	342.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tiz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1tiz_validation.pdf.gz	342.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1tiz_full_validation.pdf.gz	498.6 KB	表示
XML形式データ	1tiz_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	1tiz_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/1tiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/1tiz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cc3-1 4cc7-4 4cge-6 5gog-2 3eae-2 1gyf-d 2w0z-d 6bdg-d 3i2z-2 1z1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6209 TargetDB: GO.33909

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: calmodulin-related protein, putative

7.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	calmodulin-related protein, putative 分子量: 7741.602 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SRP5

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 3D techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 5 mM DTT, 20 mM Bis-Tris, 5mM Ca2+, 1mM DSS, 0.02% NaN3, 1 mM protein 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298.2 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	1
Bruker DMX	Bruker	DMX	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
XwinNMR	3.2	collection
NMRPipe	2.1	解析
Sparky	3.72	データ解析
CYANA	1.0.5	構造決定
XPLOR-NIH	2.0.6	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was first calculated using torsion angle dynamics, and later refined using simulated annealing and molecular dynamics

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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