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万見
- PDB-1tfj: Crystal structure of Bovine Glycolipid transfer protein in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfj
タイトルCrystal structure of Bovine Glycolipid transfer protein in complex with a fatty acid
要素Glycolipid transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT / Glycolipid
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transfer activity / ceramide 1-phosphate transfer activity / ceramide transport / ceramide 1-phosphate binding / glycolipid binding / intermembrane lipid transfer / lipid binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANOIC ACID / Glycolipid transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Kidron, H. / West, G. / Nymalm, Y. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural evidence for adaptive ligand binding of glycolipid transfer protein.
著者: Airenne, T.T. / Kidron, H. / Nymalm, Y. / Nylund, M. / West, G. / Mattjus, P. / Salminen, T.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and X-ray analysis of bovine glycolipid transfer protein
著者: West, G. / Nymalm, Y. / Airenne, T.T. / Kidron, H. / Mattjus, P. / Salminen, T.T.
履歴
登録2004年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycolipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3944
ポリマ－25,0941
非ポリマー3003
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.395, 34.904, 58.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycolipid transfer protein / GLTP


分子量: 25093.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GLTP / プラスミド: pQE-9 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68265
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID


分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 8000, MES, Sodium acetate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.804 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: triangular / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→20 Å / Num. all: 26281 / Num. obs: 25509 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.16
反射 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 3717 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.61→18.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.955 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22141 1276 5 %RANDOM
Rwork0.18209 ---
all0.18405 24231 --
obs0.18405 24231 97.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20.42 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→18.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1652 0 19 151 1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.962374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87633838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.275203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85724.17779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09115326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.297159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21679
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2885
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6671.51070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3061.5408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.821682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0163801
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2724.5692
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 --
Rwork0.242 1688 -
obs-3717 92.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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