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- PDB-1tfb: NMR STUDIES OF HUMAN GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIB: DYNAMICS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tfb
タイトルNMR STUDIES OF HUMAN GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIB: DYNAMICS AND INTERACTION WITH VP16 ACTIVATION DOMAIN, 20 STRUCTURES
要素TFIIB
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR / HUMAN GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR TFIIB / C-TERMINAL CORE DOMAIN / CYCLIN BOX FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II core complex assembly / germinal vesicle / transcription preinitiation complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / protein acetylation / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape ...positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II core complex assembly / germinal vesicle / transcription preinitiation complex / nuclear thyroid hormone receptor binding / protein acetylation / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / cell division site / RNA polymerase II complex binding / viral transcription / acetyltransferase activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / spindle assembly / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / protein-DNA complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / kinetochore / RNA polymerase II transcription regulator complex / chromosome / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin A; domain 1 ...Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Cyclin-like / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Bagby, S. / Ikura, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Human general transcription factor TFIIB: conformational variability and interaction with VP16 activation domain.
著者: Hayashi, F. / Ishima, R. / Liu, D. / Tong, K.I. / Kim, S. / Reinberg, D. / Bagby, S. / Ikura, M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of a TFIIB-TBP-TATA-Element Ternary Complex
著者: Nikolov, D.B. / Chen, H. / Halay, E.D. / Usheva, A.A. / Hisatake, K. / Lee, D.K. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Solution Structure of the C-Terminal Core Domain of Human TFIIB: Similarity to Cyclin a and Interaction with TATA-Binding Protein
著者: Bagby, S. / Kim, S. / Maldonado, E. / Tong, K.I. / Reinberg, D. / Ikura, M.
履歴
登録1996年11月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TFIIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1981
ポリマ－23,1981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 TFIIB


分子量: 23198.107 Da / 分子数: 1
断片: CONSTRUCT COMPRISES RESIDUES 1 - 3 AND 112 - 316 OF FULL LENGTH HUMAN TFIIB
変異: DEL(4 - 111) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES MET 1 AND ALA 2 ARE OMITTED FROM THE COORDINATES, AND SER 3 IS NUMBERED AS SER 111
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: FURTHER DETAILS CAN BE FOUND IN HA ET AL., GENES AND DEVELOPMENT 7 (1993) 1021
細胞株: BL21 / 遺伝子: HUMAN TFIIB DELTA 4-111 / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN TFIIB DELTA 4-111 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q00403

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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