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Yorodumi- PDB-4xt2: Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xt2 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist | ||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / transcription factor / Hypoxia Inducible Factor / inhibitor / cancer | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic placenta development / blood vessel remodeling / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / visual perception / NPAS4 regulates expression of target genes / Pexophagy / positive regulation of glycolytic process / regulation of heart rate / mitochondrion organization / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.698 Å | ||||||||||||
Authors | Scheuermann, T.H. / Gardner, K.H. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015 Title: Isoform-Selective and Stereoselective Inhibition of Hypoxia Inducible Factor-2. Authors: Scheuermann, T.H. / Stroud, D. / Sleet, C.E. / Bayeh, L. / Shokri, C. / Wang, H. / Caldwell, C.G. / Longgood, J. / MacMillan, J.B. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H. / Tambar, U.K. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xt2.cif.gz | 288.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xt2.ent.gz | 240.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xt2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xt2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xt2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4xt2_validation.xml.gz | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4xt2_validation.cif.gz | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xt2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3f1pS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14243.098 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456) / Mutation: E362R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ARNT, BHLHE2 / Plasmid: pHIS-GB1 Con29 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P27540 #2: Protein | Mass: 13538.300 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: C-terminal PAS domain (UNP residues 239-350) / Mutation: R247E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2 / Plasmid: pHIS-GB1 Con30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q99814 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2011 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.698→50 Å / Num. obs: 54343 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3F1P Resolution: 1.698→41.688 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 17.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.698→41.688 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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