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万見
- PDB-2yph: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yph
タイトルCatalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation H230S, crystallized with 2',3-(RP)- cyclic-AMPS
要素2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
キーワードHYDROLASE / MYELIN / NERVOUS SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus / forebrain development / axonogenesis / adult locomotory behavior / response to toxic substance / melanosome / myelin sheath / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase fold / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase superfamily / Cyclic nucleotide phosphodiesterase / : / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-QQY / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic Analysis of the Reaction Cycle of 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase, a Unique Member of the 2H Phosphoesterase Family
著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Lehtimaki, M. / Han, H. / Kursula, I. / Kursula, P.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.12019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6834
ポリマ－24,2431
非ポリマー4403
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.630, 47.530, 107.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2', 3'-CYCLIC-NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE / CNP / CNPASE


分子量: 24242.857 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-278 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-QQY / [(3aR,4R,6R,6aR)-4-(6-aminopurin-9-yl)-2-oxidanylidene-2-sulfanyl-3a,4,6,6a-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-6-yl]methanol


分子量: 345.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O5PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ADENOSINE-2',3'-CYCLOPHOSPHOROTHIOATE (QQY): RP-ISOMER
配列の詳細N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION TAG. RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO ...N-TERMINAL GLYCINE REMAINS FROM TEV-CLEAVAGE OF EXPRESSION TAG. RESIDUE NUMBERING IS ACCORDING TO CNPASE ISOFORM 1 ( P16330-2). HISTIDINE 230 IS MUTATED TO SERINE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 4
詳細: 250 UM PROTEIN AND 10 MM 23-(RP)-CYCLIC AMPS WAS MIXED IN 0.5 PLUS 0.5 UL DROPS WITH 30% PEG4000 AND 50 MM ACETATE (2:1 PH 3 AND 5) IN 4C TEMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL (R 400 M)
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39 Å / Num. obs: 12336 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMI

2xmi


解像度: 2.1→26.887 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.69 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE INCLUDED IN RIDING POSITION. RESIDUES 158-162 AND 209-212 WERE EXCLUDED DUE TO INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 614 5 %
Rwork0.2301 --
obs0.2329 12327 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→26.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1642 0 27 79 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5022358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.441648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0999-2.31110.3891420.36252712X-RAY DIFFRACTION92
2.3111-2.64520.31631530.28312904X-RAY DIFFRACTION97
2.6452-3.33170.30381560.23972965X-RAY DIFFRACTION99
3.3317-26.88970.25211630.18493132X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4131-1.20791.46134.3342-0.6853.80910.0184-0.00170.02090.331-0.05020.0158-0.05840.24060.04590.2819-0.05560.08580.321-0.01510.2824-1.66617.1914-18.4362
25.52940.62761.48243.5499-0.90087.16760.0471-0.2607-0.73290.2014-0.23830.82150.1354-0.73970.20810.52720.03570.28050.5376-0.00570.7249-16.46619.5424-13.5592
32.1328-1.21010.85734.2129-1.56023.3058-0.0969-0.3646-0.08881.03790.07410.0466-0.12190.06660.03550.5088-0.01470.07350.3976-0.01560.3695-1.54835.0435-9.9437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 163 THROUGH 280 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 281 THROUGH 308 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 309 THROUGH 378 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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