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- PDB-1tf0: Crystal structure of the GA module complexed with human serum albumin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tf0
タイトルCrystal structure of the GA module complexed with human serum albumin
要素
  • Peptostreptococcal albumin-binding protein
  • Serum albumin
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Albumin-binding domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site ...Albumin-binding domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / DECANOIC ACID / Albumin / Peptostreptococcal albumin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lejon, S. / Svensson, S. / Bjorck, L. / Frick, I.-M. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure and biological implications of a bacterial albumin binding module in complex with human serum albumin
著者: Lejon, S. / Frick, I.-M. / Bjorck, L. / Wikstrom, M. / Svensson, S.
履歴
登録2004年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Peptostreptococcal albumin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9666
ポリマ－71,2572
非ポリマー7094
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.295, 134.799, 122.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65317.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Tissue fraction: plasma / 参照: UniProt: P02768
#2: タンパク質 Peptostreptococcal albumin-binding protein


分子量: 5939.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / 遺伝子: PAB / プラスミド: pHD389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q51911
#3: 化合物 ChemComp-DKA / DECANOIC ACID / デカン酸


分子量: 172.265 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 24858 / Num. obs: 24858 / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0001精密化
ProDCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1AO6 and 1PRB

1ao6

1prb


解像度: 2.7→65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 31.497 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.22 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29497 1103 5 %RANDOM
Rwork0.24886 ---
obs0.25113 21137 100 %-
all-22263 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.306 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å20 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4853 0 49 0 4902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225005
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024479
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9726749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.913310528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8025606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.19325.127236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.28415916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8551523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.21489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.24766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.23053
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6731.53263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1191.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04524920
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58532117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.474.51829
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.388 79
Rwork0.324 1543
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.369-0.6051-0.07865.0671-0.27422.96390.22190.946-0.0341-1.0512-0.2668-0.3276-0.54090.28740.04490.5257-0.1170.19540.46020.03740.357631.55876.67413.533
22.98770.0776-1.0392.54660.02014.62430.0732-0.0777-0.0768-0.11840.0499-0.3321-0.2850.3423-0.1231-0.0911-0.00430.0257-0.0705-0.04250.031217.60669.21241.418
33.1385-1.8274-0.57234.79721.37394.40120.05750.1388-0.0835-0.3134-0.1591-0.15870.61240.25890.1016-0.01490.06970.05810.132-0.00210.200722.38145.31918.656
410.34172.62170.73226.757-0.79694.03910.2742-0.10120.54060.0998-0.0680.1423-1.29750.0532-0.20620.3990.00030.1624-0.0666-0.003-0.036313.70685.62249.604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1975 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2AA198 - 385198 - 385
3X-RAY DIFFRACTION3AA386 - 569386 - 569
4X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 531 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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