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- PDB-1tco: TERNARY COMPLEX OF A CALCINEURIN A FRAGMENT, CALCINEURIN B, FKBP1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tco
タイトルTERNARY COMPLEX OF A CALCINEURIN A FRAGMENT, CALCINEURIN B, FKBP12 AND THE IMMUNOSUPPRESSANT DRUG FK506 (TACROLIMUS)
要素
  • (SERINE/THREONINE PHOSPHATASE ...) x 2
  • FK506-BINDING PROTEIN
キーワードCOMPLEX (HYDROLASE/ISOMERASE) / COMPLEX (HYDROLASE-ISOMERASE) / IMMUNOSUPPRESSANT / COMPLEX (HYDROLASE-ISOMERASE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Activation of BAD and translocation to mitochondria / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development ...mTORC1-mediated signalling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / regulation of activin receptor signaling pathway / Calcineurin activates NFAT / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Activation of BAD and translocation to mitochondria / calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase regulator activity / regulation of cell proliferation involved in kidney morphogenesis / positive regulation of glomerulus development / negative regulation of signaling / positive regulation of saliva secretion / calcineurin complex / macrolide binding / activin receptor binding / renal filtration / calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / activin binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / positive regulation of osteoclast differentiation / I-SMAD binding / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / signaling receptor inhibitor activity / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / response to caffeine / Ca2+ pathway / protein peptidyl-prolyl isomerization / 'de novo' protein folding / dephosphorylation / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / protein-serine/threonine phosphatase / FK506 binding / SMAD binding / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of activated T cell proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of protein phosphorylation / Calcineurin activates NFAT / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / epidermis development / regulation of immune response / positive regulation of osteoblast differentiation / phosphatase binding / calcium channel inhibitor activity / heart morphogenesis / T cell proliferation / skeletal muscle fiber development / keratinocyte differentiation / protein dephosphorylation / supramolecular fiber organization / muscle contraction / sarcoplasmic reticulum membrane / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium channel regulator activity / protein maturation / T cell activation / sarcoplasmic reticulum / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein ubiquitination / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / modulation of chemical synaptic transmission / cytokine-mediated signaling pathway / sarcolemma / Z disc / response to calcium ion / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of protein binding / protein folding / regulation of protein localization / protein refolding / dendritic spine / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calmodulin binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Chitinase A; domain 3 - #40 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type ...PP2B, metallophosphatase domain / PP2B / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Chitinase A; domain 3 - #40 / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Chitinase A; domain 3 / Metallo-dependent phosphatase-like / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / 4-Layer Sandwich / EF-hand domain pair / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / Protein phosphatase 3 catalytic subunit alpha / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / Calcineurin subunit B type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Griffith, J.P. / Kim, J.L. / Kim, E.E. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Fleming, M.A. / Caron, P.R. / Hsiao, K. / Navia, M.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: X-ray structure of calcineurin inhibited by the immunophilin-immunosuppressant FKBP12-FK506 complex.
著者: Griffith, J.P. / Kim, J.L. / Kim, E.E. / Sintchak, M.D. / Thomson, J.A. / Fitzgibbon, M.J. / Fleming, M.A. / Caron, P.R. / Hsiao, K. / Navia, M.A.
履歴
登録1996年8月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2
B: SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2
C: FK506-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,36412
ポリマ－73,9553
非ポリマー1,4099
水12,791710
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.050, 94.430, 116.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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SERINE/THREONINE PHOSPHATASE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 / CALCINEURIN A / CAM-PRP CATALYTIC SUBUNIT / CALCINEURIN B / CAM-PRP REGULATORY SUBUNIT


分子量: 43012.969 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN A IS THE CATALYTIC SUBUNIT, RESIDUES 18 -392. CHAIN B IS THE REGULATORY SUBUNIT, RESIDUES 1 - 169
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: CALF BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48452, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質 SERINE/THREONINE PHOSPHATASE B2 / CALCINEURIN A / CAM-PRP CATALYTIC SUBUNIT / CALCINEURIN B / CAM-PRP REGULATORY SUBUNIT


分子量: 19191.709 Da / 分子数: 1
断片: CHAIN A IS THE CATALYTIC SUBUNIT, RESIDUES 18 -392. CHAIN B IS THE REGULATORY SUBUNIT, RESIDUES 1 - 169
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: CALF BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P63099, protein-serine/threonine phosphatase

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 FK506-BINDING PROTEIN / FKBP-12 / CIS-TRANS ISOMERASE


分子量: 11750.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62942, UniProt: P18203*PLUS, peptidylprolyl isomerase

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非ポリマー , 7種, 719分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#9: 化合物 ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 %PEG80001reservoir
20.1 Mpotassium phosphate1reservoir
320 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 41097 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→7 Å / σ(F): 1.5 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 -
Rwork0.195 -
obs0.195 30613
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 68 710 5818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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