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- PDB-2pig: Crystal structure of ydcK from Salmonella cholerae at 2.38 A reso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pig
タイトルCrystal structure of ydcK from Salmonella cholerae at 2.38 A resolution. Northeast Structural Genomics target SCR6
要素Putative transferase
キーワードTRANSFERASE / scr6 / nesg / ydcK / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YdcK Beta solenoid repeat / : / YdcK Beta solenoid repeat / : / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferase / Putative transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella paratyphi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Benach, J. / Chen, Y. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. ...Benach, J. / Chen, Y. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ydcK from Salmonella cholerae at 2.38 A resolution.
著者: Benach, J. / Chen, Y. / Vorobiev, S.M. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Conover, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2007年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative transferase
B: Putative transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4555
ポリマ－74,2582
非ポリマー1963
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area23930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.603, 103.603, 160.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The AU contains the biological assembly

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要素

#1: タンパク質 Putative transferase


分子量: 37129.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella paratyphi (サルモネラ菌)
株: SARB42 / 遺伝子: ydcK, SPA1259 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q5PHU6, UniProt: A0A0H2WQ05*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM MAGNESIUM SULFATE, 50 mM SODIUM CACODYLATE, 1.8 M LITHIUM SULFATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97877 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97877 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.8 % / Av σ(I) over netI: 8.8 / 数: 306807 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.3 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 39556 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.932010010.061.0577.4
3.934.9310010.0530.977.8
3.433.9310010.071.0947.9
3.123.4310010.0911.0658
2.93.1210010.1331.1958
2.732.910010.181.0317.9
2.592.7310010.2521.1057.8
2.482.5910010.3191.0997.7
2.382.4810010.3811.1767.5
2.32.3810010.4221.0897.5
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 39556 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.387.50.42238471.089100
2.38-2.487.50.38139181.176100
2.48-2.597.70.31938761.099100
2.59-2.737.80.25239101.105100
2.73-2.97.90.1838991.031100
2.9-3.1280.13339271.195100
3.12-3.4380.09139371.065100
3.43-3.937.90.0739871.094100
3.93-4.937.80.05340300.97100
4.93-207.40.0642251.057100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F9C

2f9c


解像度: 2.38→20 Å / FOM work R set: 0.826 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3190 8.9 %random
Rwork0.2195 ---
obs0.2195 32066 89.8 %-
溶媒の処理Bsol: 28.689 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.065 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.304 Å20 Å20 Å2
2---0.304 Å20 Å2
3---0.608 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4886 0 3 135 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005203
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2986
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2022
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2632.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.38-2.40.281580.222504562
2.4-2.410.29610.22490551
2.41-2.430.343660.244494560
2.43-2.450.303620.212471533
2.45-2.460.318470.234511558
2.46-2.480.282460.235492538
2.48-2.50.294630.218495558
2.5-2.520.307560.253506562
2.52-2.540.274520.211495547
2.54-2.560.302480.225529577
2.56-2.590.287630.239529592
2.59-2.610.312580.231528586
2.61-2.630.313480.234531579
2.63-2.650.236440.216548592
2.65-2.680.262640.241520584
2.68-2.710.333520.239533585
2.71-2.730.284720.262569641
2.73-2.760.331760.254531607
2.76-2.790.297590.252546605
2.79-2.820.297670.254574641
2.82-2.850.313620.255544606
2.85-2.890.306600.254576636
2.89-2.920.345710.256551622
2.92-2.960.286640.254580644
2.96-30.339620.27584646
3-3.040.335720.267612684
3.04-3.080.341600.274579639
3.08-3.130.264620.255611673
3.13-3.180.297640.262589653
3.18-3.230.261640.216596660
3.23-3.280.246770.231594671
3.28-3.340.298760.216607683
3.34-3.410.243770.213603680
3.41-3.480.254760.192603679
3.48-3.550.212580.191611669
3.55-3.630.224700.195620690
3.63-3.720.246660.197627693
3.72-3.820.215760.186615691
3.82-3.930.247710.187614685
3.93-4.060.22640.167637701
4.06-4.20.221610.191629690
4.2-4.370.173540.15659713
4.37-4.570.164680.149645713
4.57-4.810.202740.162628702
4.81-5.10.358710.204636707
5.1-5.490.257740.246653727
5.49-6.030.341670.268641708
6.03-6.870.336730.303649722
6.87-8.540.302670.27666733
8.54-200.28670.23721788
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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