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- PDB-2pxy: Crystal structures of immune receptor complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pxy
タイトルCrystal structures of immune receptor complexes
要素
  • (H-2 class II histocompatibility antigen, A-U ...) x 2
  • (T cell receptor ...) x 2
  • Myelin basic protein (MBP)-peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / multivesicular body / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation ...antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / multivesicular body / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / early endosome / lysosome / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...: / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain / TRAV6D-7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007
タイトル: Structural evidence for a germline-encoded T cell receptor-major histocompatibility complex interaction 'codon'.
著者: Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Maynard, J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T cell receptor alpha chain
B: T cell receptor beta chain
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
D: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain
P: Myelin basic protein (MBP)-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3885
ポリマ－69,3885
非ポリマー00
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.603, 97.603, 175.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-211-

HOH

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要素

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T cell receptor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T cell receptor alpha chain


分子量: 12537.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R1F5
#2: タンパク質 T cell receptor beta chain


分子量: 12079.190 Da / 分子数: 1 / Mutation: G17E,H47Y,I75T,L78S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NTY6

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H-2 class II histocompatibility antigen, A-U ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain


分子量: 20771.111 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular alpha-1, extracellular alpha-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14438
#4: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain


分子量: 22566.240 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular beta-1, extracellular beta-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P06344

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 330分子 P

#5: タンパク質・ペプチド Myelin basic protein (MBP)-peptide


分子量: 1433.511 Da / 分子数: 1 / Mutation: K4Y / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic construct. The sequence can be naturally found in Mus musculus (Mouse)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid (pH7.0), 16% polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9785
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47 Å / Num. all: 42263 / Num. obs: 42263 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→47 Å / σ(F): -1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 --
Rwork0.218 --
all-42263 -
obs-42263 100 %
原子変位パラメータBiso mean: 37.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4883 0 0 329 5212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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