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万見
- PDB-2z31: Crystal structure of immune receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z31
タイトルCrystal structure of immune receptor complex
要素
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain precursor
  • Myelin basic protein (MBP)-peptide
  • T-cell receptor alpha-chain
  • T-cell receptor beta-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / multivesicular body / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation ...antigen processing and presentation of peptide antigen / positive regulation of T cell differentiation / T cell receptor complex / antigen processing and presentation / multivesicular body / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / early endosome / lysosome / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...: / : / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain / TRAV6D-7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2007
タイトル: Structural evidence for a germline-encoded T cell receptor-major histocompatibility complex interaction 'codon'.
著者: Feng, D. / Bond, C.J. / Ely, L.K. / Maynard, J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2007年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年8月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE The sequnce database for chain A and B does not currently exist in UNP.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha-chain
B: T-cell receptor beta-chain
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain
D: H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain precursor
P: Myelin basic protein (MBP)-peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6345
ポリマ－68,6345
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.332, 97.332, 174.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 T-cell receptor alpha-chain


分子量: 12379.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5R1F5
#2: タンパク質 T-cell receptor beta-chain


分子量: 12010.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NTY6
#3: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U alpha chain


分子量: 20540.934 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular alpha-1 and extracellular alpha-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P14438
#4: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-U beta chain precursor


分子量: 22495.164 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular beta-1 and extracellular beta-2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P06344
#5: タンパク質・ペプチド Myelin basic protein (MBP)-peptide


分子量: 1208.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M patassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M succinic acid, 16% polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→97 Å / Num. all: 23722 / Num. obs: 23722 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 23722 / Rsym value: 0.549 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 --
Rwork0.235 --
all0.235 23722 -
obs-23722 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4841 0 0 0 4841

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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