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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tbp | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST TATA-BINDING PROTEIN AND MODEL FOR INTERACTION WITH DNA | ||||||
要素 | TATA-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chasman, D.I. / Flaherty, K.M. / Sharp, P.A. / Kornberg, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of yeast TATA-binding protein and model for interaction with DNA. 著者: Chasman, D.I. / Flaherty, K.M. / Sharp, P.A. / Kornberg, R.D. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1992 タイトル: Crystal Structure of TFIID TATA-Box Binding Protein 著者: Nikolov, D.B. / Hu, S.-H. / Lin, J. / Gasch, A. / Hoffmann, A. / Horikoshi, M. / Chua, N.-H. / Roeder, R.G. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tbp.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tbp.ent.gz | 61 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tbp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tbp_validation.pdf.gz | 368 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tbp_full_validation.pdf.gz | 379.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tbp_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tbp_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/1tbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/1tbp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 109 / 2: CIS PROLINE - PRO A 200 / 3: CIS PROLINE - PRO B 109 / 4: CIS PROLINE - PRO B 200 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.846596, -0.25936, 0.464766), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20164.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P13393 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.25 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→6 Å / Rfactor Rwork: 0.211 / Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.211 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.64 |