PDB-1z43: Crystal structure of 7S.S SRP RNA of M. jannaschii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z43

タイトル

Crystal structure of 7S.S SRP RNA of M. jannaschii

要素

RNA (101-MER)

キーワード

RNA / tetra-loop

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2005
タイトル: Structural insights into SRP RNA: An induced fit mechanism for SRP assembly
著者: Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2005年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z43.cif.gz	73.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z43.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z43.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z43_validation.pdf.gz	399.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z43_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	1z43_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	1z43_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z43	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lngS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k7d-2 2gd5-1 1tbp-d 2gd5-2 6ck4-1 4xqq-2 5vji-d 3t72-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (2)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (101-MER)

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.110, 62.110, 247.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: RNA鎖	RNA (101-MER) / 7S.S SRP RNA / 7S SRP RNA 分子量: 32769.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 400, Tris buffer, sodium citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 400	1	1
2	Tris buffer	1	1
3	sodium citrate	1	1
4	H2O	1	1
5	PEG 400	1	2
6	Tris buffer	1	2
7	sodium citrate	1	2
8	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.081 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.081 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 15814 / Num. obs: 15645 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 78570 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / Num. unique all: 1632 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LNG

1lng

解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 18.786 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.43 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29616	783	5 %	RANDOM
R_work	0.2531	-	-	-
obs	0.2552	14857	98.9 %	-
all	-	15640	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2169	0	139	2308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.226	3	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.024	3	2141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.32	0.3	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.36	0.3	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.026	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.246	0.5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.128	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.159	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.05	3	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.007	4.5	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.37	40
R_work	0.458	1051

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1014	-2.5542	1.3466	1.9712	-2.33	3.2089	-0.0166	0.0238	0.0507	0.0454	-0.1358	0.0555	-0.2436	-0.0354	0.1524	0.3863	-0.0011	0.0861	0.3913	-0.0444	0.3186	46.6659	-6.8158	113.3783
2	3.0243	-1.0789	0.8167	1.1813	-2.3122	4.2537	0.1438	0.3627	0.1684	0.0379	-0.2062	0.1296	0.0607	0.6235	0.0624	0.3539	-0.0443	0.0411	0.3935	0.0532	0.4392	38.7391	2.7178	96.9195
3	10.7175	2.4234	5.2098	4.393	-1.7102	1.9753	-0.0868	0.32	0.6706	-0.4278	0.5603	0.8108	0.1144	-0.6856	-0.4736	0.3049	0.0177	0.2039	0.7776	0.1161	0.2935	20.0199	5.0654	102.324
4	-2.0784	-1.4214	2.8585	2.4155	-5.6027	4.6705	0.3216	-0.5064	-0.3469	-0.9661	0.2097	0.156	1.3979	-0.5524	-0.5312	0.552	-0.1139	-0.0225	0.8347	0.1573	0.6567	9.2647	5.9915	81.3993
5	4.9218	-2.4501	2.3653	2.1865	-2.726	1.1608	0.0493	-0.0781	-0.2088	-0.1092	0.0312	0.1426	-0.0954	-0.2693	-0.0804	0.3249	0.0353	0.0567	0.4425	-0.0191	0.4332	24.0175	16.7558	74.238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	138 - 147
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	232 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	182 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	224 - 231
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	148 - 152
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	178 - 181
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	153 - 177
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	198 - 223

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