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Yorodumi- PDB-1lng: Crystal Structure of the SRP19-7S.S SRP RNA Complex of M. jannaschii -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1lng | ||||||
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Title | Crystal Structure of the SRP19-7S.S SRP RNA Complex of M. jannaschii | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN/RNA / Protein-RNA complex / SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / signal recognition particle / 7S RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2002 Title: Structure of the SRP19 RNA complex and implications for signal recognition particle assembly. Authors: Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1lng.cif.gz | 93.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1lng.ent.gz | 66.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1lng.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1lng_validation.pdf.gz | 392.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1lng_full_validation.pdf.gz | 411.6 KB | Display | |
Data in XML | 1lng_validation.xml.gz | 7.2 KB | Display | |
Data in CIF | 1lng_validation.cif.gz | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/1lng | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 31428.740 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Description: in vitro transcription | ||
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#2: Protein | Mass: 10376.414 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q58440 | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 273 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: PEG 3350, HEPES, MgAc, CaCl, DMSO, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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Crystal grow | *PLUS Temperature: 18 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I711 / Wavelength: 1.12 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 15, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. all: 18606 / Num. obs: 18606 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 91 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Num. measured all: 78892 / Rmerge(I) obs: 0.099 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.3 Å / % possible obs: 91 % / Rmerge(I) obs: 0.332 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entries 1D4R and 1DUL Resolution: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 8.098 / SU ML: 0.198 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.266 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.347 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Rfactor all: 0.22697 / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.305 / Rfactor Rwork: 0.245 / Rfactor obs: 0.245 |