+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1k7i | ||||||
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Title | PrtC from Erwinia chrysanthemi: Y228F mutant | ||||||
Components | secreted protease C | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metalloprotease / protease | ||||||
Function / homology | Function and homology information serralysin / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Erwinia chrysanthemi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.59 Å | ||||||
Authors | Baumann, U. / Hege, T. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2001 Title: Protease C of Erwinia chrysanthemi: The Crystal Structure and Role of Amino Acids Y228 and E189 Authors: Hege, T. / Baumann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1k7i.cif.gz | 114.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1k7i.ent.gz | 86 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1k7i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/1k7i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51619.242 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: Y228F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Erwinia chrysanthemi (bacteria) / Genus: Dickeya / Gene: prtc / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P16317, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metalloendopeptidases | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-ZN / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.5 / Details: NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / Method: vapor diffusion, sitting drop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM1A / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Apr 1, 2000 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→14.98 Å / Num. all: 98323 / Num. obs: 577315 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Limit h max: 55 / Limit h min: 0 / Limit k max: 55 / Limit k min: 0 / Limit l max: 76 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 2027026.13 / Observed criterion F min: 4.5 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 39.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.7 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 15 Å / Num. obs: 98513 / Num. measured all: 577315 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 6.91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.59→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Solvent model: CNS bulk solvent model used / Bsol: 49.8181 Å2 / ksol: 0.413029 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.7 Å2 / Biso mean: 23.39 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.59→14.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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Software | *PLUS Name: CNS / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 15 Å / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.2042 / Rfactor Rwork: 0.1966 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.229 |