PDB-3oci: Crystal structure of TBP (TATA box binding protein)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oci

タイトル

Crystal structure of TBP (TATA box binding protein)

要素

TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription Initiation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription initiation / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.899 Å

データ登録者

Cui, S. / Wollmann, P. / Moldt, M. / Hopfner, K.-P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of the Swi2/Snf2 remodeller Mot1 in complex with its substrate TBP.
著者: Wollmann, P. / Cui, S. / Viswanathan, R. / Berninghausen, O. / Wells, M.N. / Moldt, M. / Witte, G. / Butryn, A. / Wendler, P. / Beckmann, R. / Auble, D.T. / Hopfner, K.P.

履歴

登録	2010年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月20日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2011年7月27日	Group: Database references
改定 1.3	2015年1月14日	Group: Other / Structure summary
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oci.cif.gz	172.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oci.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oci_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oci_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	3oci_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	3oci_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/3oci	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oc3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eik-d 1tbp-d 2z8u-2 1pcz-d 2gd5-2 5l4t-d 2gd5-1 383 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (6) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)

B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1)

ヘテロ分子

49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.400, 104.400, 129.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 20:197 )
2	1	1	chain B and (resseq 20:197 )

#1: タンパク質	TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID (TFIID-1) / TATA box binding protein 分子量: 24502.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン) 遺伝子: ECU04_1440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ST28
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES,2M NaCl,4% Acetone, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月18日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.899→30 Å / Num. all: 41388 / Num. obs: 37329 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.899→2 Å / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
remdaq.pilatus		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.899→24.683 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1950	5.01 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
all	0.1965	38913	-	-
obs	0.1826	36954	94.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.722 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.899→24.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2842	0	24	305	3171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.08	4235
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.369	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	544

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1354	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1354	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8987-1.9462	0.277	128	0.2362	2626	93
1.9462-1.9988	0.2569	143	0.2127	2697	97
1.9988-2.0576	0.2008	152	0.1897	2703	96
2.0576-2.124	0.214	142	0.1854	2650	94
2.124-2.1998	0.2285	126	0.189	2637	95
2.1998-2.2879	0.2554	173	0.1927	2683	96
2.2879-2.3919	0.242	137	0.1943	2707	96
2.3919-2.5179	0.2188	147	0.192	2634	95
2.5179-2.6755	0.1914	153	0.1768	2603	93
2.6755-2.8818	0.2155	138	0.1811	2659	95
2.8818-3.1712	0.2207	138	0.1816	2637	93
3.1712-3.6289	0.1657	123	0.1643	2579	92
3.6289-4.5672	0.1739	129	0.149	2608	92
4.5672-24.6854	0.1541	121	0.1645	2535	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8892	0.8106	-0.7224	0.9899	-0.6913	0.3063	0.2851	0.2848	0.0665	-0.1347	-0.3492	0.5064	0.027	-0.2004	-0.0012	0.1679	0.0685	0.0031	0.1969	-0.0049	0.23	20.0637	10.0743	-30.6048
2	0.5901	0.3501	-0.6368	0.275	-0.359	0.6666	0.0168	0.0048	0.0281	0.1133	-0.0187	-0.1354	-0.0821	-0.1077	-0	0.2141	0.0275	0.0307	0.1962	-0.0055	0.2059	3.1135	8.6631	-19.1933
3	0.5306	0.5488	-0.5856	0.472	-0.496	0.4503	0.3653	0.3179	0.5016	-0.0342	-0.216	-0.0458	0.1941	-0.1026	-0.0002	0.1954	0.0343	0.0106	0.2211	-0.005	0.1802	10.8435	8.8155	-27.8806
4	0.0791	-0.095	-0.0603	0.3124	-0.576	0.5572	0.4685	0.8124	0.2788	-0.2438	-0.1888	0.1887	-0.2227	-0.1704	0.0001	0.1934	0.0827	0.0419	0.2411	0.1068	0.2471	10.8496	14.3134	-34.1895
5	1.0846	0.203	0.1116	0.4052	-0.112	0.0571	0.252	-0.6637	0.2929	0.7617	0.1004	0.4106	-0.1848	-0.2416	0.0342	0.2672	0.2338	0.1507	0.3481	0.1984	0.7338	6.6886	22.5696	-25.96
6	0.7166	0.1861	0.0773	0.2017	-0.1391	0.4111	0.1447	0.0872	0.1159	-0.1055	-0.0559	-0.1447	0.047	0.0757	-0	0.1682	0.0359	-0.0023	0.1681	-0.0041	0.1543	35.533	-1.5117	-30.91
7	0.6455	-1.2267	-0.5034	1.2579	0.3858	1.5891	0.1658	0.0623	0.1242	-0.0143	-0.1164	0.1052	0.0054	0.0885	0.0025	0.1811	0.016	0.021	0.153	0.0133	0.1308	37.443	-2.6951	-31.8985
8	0.578	0.6758	0.3669	1.5221	1.0479	0.4043	-0.3938	-0.409	-0.5206	0.009	0.1883	-0.2279	0.3408	0.084	-0.0011	0.1351	0.0537	-0.0035	0.2291	0.0119	0.2022	50.743	-7.5991	-15.4007
9	0.1454	-0.0752	-0.0616	0.6121	0.5069	0.6451	-0.008	0.1139	0.0869	-0.0011	0.0064	0.0473	0.1084	0.1465	0.0001	0.1835	0.007	0.0076	0.2351	-0.0132	0.2342	57.9636	-23.2909	-26.8274
10	0.0877	0.1203	0.0492	0.9145	0.7001	0.4332	-0.2584	-0.3048	0.209	-0.0279	0.3505	-0.348	0.1537	-0.0713	-0	0.1908	0.0201	0.0133	0.2341	-0.0057	0.1798	54.4165	-16.341	-18.2636
11	0.5967	-0.228	0.7572	-0.0109	-0.0633	0.6979	-0.061	-0.5189	0.0032	0.3444	0.3842	-0.3542	0.041	0.3067	0.0001	0.1854	0.0617	-0.0613	0.309	-0.0908	0.3159	60.1124	-14.0524	-12.8574
12	0.0187	-0.0059	-0.0006	-0.0056	-0.0049	-0.0068	0.0237	-0.291	0.1438	-0.5331	0.1551	-0.1444	-0.4018	0.2951	-0.0001	0.1581	-0.0115	0.0587	0.42	-0.0347	0.7453	65.61	-6.8082	-19.0937
13	0.1366	0.0178	0.1303	0.3903	0.1698	0.5341	0.0163	-0.1778	0.1083	0.0218	0.0919	-0.0132	-0.0276	-0.0742	0	0.1376	0.0174	-0.004	0.2158	0.0095	0.1703	31.3657	-0.6984	-14.2321
14	1.6786	-0.2885	-0.472	-0.113	0.1145	1.6088	-0.0499	-0.2032	-0.0317	-0.0367	0.1065	-0.1332	-0.0757	-0.0928	0	0.1316	-0.0005	-0.0041	0.174	-0.0311	0.1385	31.2538	1.4148	-14.5921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 20:37)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 38:61)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 62:83)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 84:104)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 105:110)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 111:142)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 143:197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 20:37)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 38:61)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 62:83)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 84:106)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 107:112)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 113:139)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 140:198)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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