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- PDB-1pcz: STRUCTURE OF TATA-BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pcz
タイトルSTRUCTURE OF TATA-BINDING PROTEIN
要素TATA-BINDING PROTEIN
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus woesei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dedecker, B.S. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of a hyperthermophilic archaeal TATA-box binding protein.
著者: DeDecker, B.S. / O'Brien, R. / Fleming, P.J. / Geiger, J.H. / Jackson, S.P. / Sigler, P.B.
履歴
登録1996年10月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-BINDING PROTEIN
B: TATA-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6762
ポリマ－42,6762
非ポリマー00
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.620, 89.620, 141.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 TATA-BINDING PROTEIN / TBP


分子量: 21337.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus woesei (古細菌) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PET 11A (NOVAGEN) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62001
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 50% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 7.5, 0.1 M KCL
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropKCl
425 %satammonium sulfate1drop
5100 mMTris-HCl1reservoir
6100 mM1reservoirKCl
750 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月4日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 36912 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 98.6
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 98.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-96モデル構築
X-PLOR3.843精密化
SHELXL-96位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 3147 10.2 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 30707 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2854 0 0 268 3122
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.011.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.692
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.382
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 521 10.3 %
Rwork0.365 4529 -
obs--98.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 27565 / Rfactor Rfree: 0.301
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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