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- PDB-1tba: SOLUTION STRUCTURE OF A TBP-TAFII230 COMPLEX: PROTEIN MIMICRY OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tba
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A TBP-TAFII230 COMPLEX: PROTEIN MIMICRY OF THE MINOR GROOVE SURFACE OF THE TATA BOX UNWOUND BY TBP, NMR, 25 STRUCTURES
要素
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IID 230K CHAIN
  • TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID
キーワードCOMPLEX (TRANSCRIPTION FACTORS) / TBP / TAF / TAFII230 / TFIID / SOLUTION STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / : / : / histone H3K14 acetyltransferase activity ...RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / : / : / histone H3K14 acetyltransferase activity / PRC1 complex / TFIIA-class transcription factor complex binding / ubiquitin activating enzyme activity / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / histone H4 acetyltransferase activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / ubiquitin conjugating enzyme activity / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription Initiation Factor IId 230k; Chain A / TAFII-230 TBP-binding domain / TATA-Binding Protein / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain ...Transcription Initiation Factor IId 230k; Chain A / TAFII-230 TBP-binding domain / TATA-Binding Protein / TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR
データ登録者Liu, D. / Ishima, R. / Tong, K.I. / Bagby, S. / Kokubo, T. / Muhandiram, D.R. / Kay, L.E. / Nakatani, Y. / Ikura, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Solution structure of a TBP-TAF(II)230 complex: protein mimicry of the minor groove surface of the TATA box unwound by TBP.
著者: Liu, D. / Ishima, R. / Tong, K.I. / Bagby, S. / Kokubo, T. / Muhandiram, D.R. / Kay, L.E. / Nakatani, Y. / Ikura, M.
履歴
登録1998年8月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IID 230K CHAIN
B: TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1332
ポリマ－27,1332
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IID 230K CHAIN / TAFII230


分子量: 7012.671 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 11-77 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51123
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR TFIID / TBP


分子量: 20120.754 Da / 分子数: 1 / 断片: CORE DOMAIN RESIDUES 60-249 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13393

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR ON 13C, 15N AND 2H-LABELED TBP AND TAF

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試料調製

試料状態pH: 7.0 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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