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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t8a | ||||||
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タイトル | USE OF SEQUENCE DUPLICATION TO ENGINEER A LIGAND-TRIGGERED LONG-DISTANCE MOLECULAR SWITCH IN T4 Lysozyme | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | HYDROLASE / MOLECULAR SWITCH / T4 LYSOZYME / NANO-BITECHNOLOGY / PROTEIN ENGINEERING / PROTEIN DESIGN | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yousef, M.S. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Use of sequence duplication to engineer a ligand-triggered, long-distance molecular switch in T4 lysozyme. 著者: Yousef, M.S. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structural characterization of an engineered tandem repeat contrasts the importance of context and sequence in protein folding. 著者: Sagermann, M. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Long-Distance Conformational Changes in a Protein Engineered by Modulated Sequence Duplication 著者: Sagermann, M. / Gay, L. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19685.541 Da / 分子数: 1 / 変異: L39I, R63A, C54T,C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-GAI / |
#4: 化合物 | ChemComp-HED / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8 M MIXED POTASSIUM AND SODIUM PHOSPHATE. 0.2 M GUANIDINIUM CHLORIDE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: KOHZU: DOUBLE CRYSTAL SI(111) |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 13956 / % possible obs: 99 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 33 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.8516 Å2 / ksol: 0.376985 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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