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- PDB-1t1f: Crystal Structure of Native Antithrombin in its Monomeric Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t1f
タイトルCrystal Structure of Native Antithrombin in its Monomeric Form
要素Antithrombin-III
キーワードBLOOD CLOTTING / serine-cysteine proteinase inhibitor / thrombin / human / x-ray crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : ...regulation of blood coagulation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / heparin binding / protease binding / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Antithrombin-III
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Johnson, D.J.D. / Huntington, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of monomeric native antithrombin reveals a novel reactive center loop conformation
著者: Johnson, D.J.D. / Langdown, J. / Li, W. / Luis, S.A. / Baglin, T.P. / Huntington, J.A.
履歴
登録2004年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antithrombin-III
B: Antithrombin-III
C: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,52036
ポリマ－147,2733
非ポリマー7,24733
水3,891216
1
A: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50712
ポリマ－49,0911
非ポリマー2,41611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50712
ポリマ－49,0911
非ポリマー2,41611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Antithrombin-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50712
ポリマ－49,0911
非ポリマー2,41611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.830, 43.710, 153.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.01, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Antithrombin-III / ATIII / PRO0309


分子量: 49091.066 Da / 分子数: 3 / 変異: S137A; V317C; T401C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: plasma / 遺伝子: SERPINC1 / 器官: blood / プラスミド: pMASTOP / Cell (発現宿主): Baby Hampster Kidney Cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01008

-
糖 , 2種, 9分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 240分子

#4: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Sodium Iodide, PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月27日
放射モノクロメーター: single crystal Si monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→38.52 Å / Num. all: 44339 / Num. obs: 44274 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 72.038 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 10553 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 71.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1E04

1e04


解像度: 2.75→38.46 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used strict NCS throughout using matrices: ( -0.499 0.002 0.866 ) ( -0.003 1.000 -0.004 ) ( -0.866 -0.004 -0.499 ) with translation ( 76.83844 29.37406 133.27936 ) for the second monomer, and ...詳細: Used strict NCS throughout using matrices: ( -0.499 0.002 0.866 ) ( -0.003 1.000 -0.004 ) ( -0.866 -0.004 -0.499 ) with translation ( 76.83844 29.37406 133.27936 ) for the second monomer, and ( -0.49880 0.00217 -0.86671 ) ( -0.00089 1.00000 0.00302 ) ( 0.86672 0.00228 -0.49880 ) with translation ( 153.71411 14.59701 -0.03036 ) for the third monomer.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 1796 4.1 %random
Rwork0.225 ---
all-44165 --
obs-44165 93.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.497 Å20 Å2-0.534 Å2
2---14.006 Å20 Å2
3---9.509 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→38.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9756 0 324 216 10296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.025
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 217 -
Rwork0.373 --
obs-5532 71.5 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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