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- PDB-1t0j: Crystal structure of a complex between voltage-gated calcium chan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t0j
タイトルCrystal structure of a complex between voltage-gated calcium channel beta2a subunit and a peptide of the alpha1c subunit
要素
  • (voltage-gated calcium channel subunit beta2a) x 2
  • Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / nucleotide kinase like domain / ion channel / calcium channel / AID
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / Phase 0 - rapid depolarisation / Phase 2 - plateau phase / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated calcium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / Regulation of insulin secretion / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / immune system development / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of muscle contraction / membrane depolarization during AV node cell action potential / positive regulation of adenylate cyclase activity / high voltage-gated calcium channel activity / cardiac conduction / L-type voltage-gated calcium channel complex / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / photoreceptor ribbon synapse / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of calcium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / camera-type eye development / NCAM1 interactions / calcium ion transport into cytosol / embryonic forelimb morphogenesis / calcium ion import / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / calcium ion import across plasma membrane / Phase 0 - rapid depolarisation / alpha-actinin binding / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / visual perception / protein localization to plasma membrane / Regulation of insulin secretion / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport / postsynaptic density membrane / Z disc / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / calcium ion transport / actin filament binding / heart development / presynapse / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic density / calmodulin binding / protein domain specific binding / dendrite / protein kinase binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / : / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / SH3 Domains / Voltage-dependent channel domain superfamily / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Van Petegem, F. / Clark, K. / Chatelain, F. / Minor Jr., D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of a complex between a voltage-gated calcium channel beta-subunit and an alpha-subunit domain.
著者: Van Petegem, F. / Clark, K.A. / Chatelain, F.C. / Minor, D.L.
履歴
登録2004年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: voltage-gated calcium channel subunit beta2a
B: voltage-gated calcium channel subunit beta2a
C: Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6624
ポリマ－42,6273
非ポリマー351
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15980 Å2
手法PISA
2
A: voltage-gated calcium channel subunit beta2a

B: voltage-gated calcium channel subunit beta2a
C: Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6624
ポリマ－42,6273
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.756, 45.330, 60.652
Angle α, β, γ (deg.)96.81, 102.46, 98.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 voltage-gated calcium channel subunit beta2a


分子量: 14996.776 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 17-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CACNB2A / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8VGC3
#2: タンパク質 voltage-gated calcium channel subunit beta2a


分子量: 25321.291 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 203-425 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: CACNB2A / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8VGC3
#3: タンパク質・ペプチド Voltage-dependent L-type calcium channel alpha-1C subunit / Calcium channel / L type / alpha-1 polypeptide / isoform 1 / cardiac muscle


分子量: 2308.476 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 428-443 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA1C, CACNL1A1, CCHL1A1, CACH2, CACN2 / プラスミド: modified pET27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q13936
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-Cl, PEG 4000, NaCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 24890 / Num. obs: 24890 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.49 % / Biso Wilson estimate: 21.503 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.65
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.54 % / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 2503 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TOH

1toh


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.124 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24154 1266 5.2 %RANDOM
Rwork0.19971 ---
all0.20188 24890 --
obs0.20188 23297 97.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20.06 Å21.97 Å2
2---1.26 Å2-0.27 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 1 138 2506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.9563262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8735162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0725292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.22418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4040.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9481.51497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77322419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8363913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7274.5843
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 94
Rwork0.237 1721
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.923-0.31970.14790.4409-0.15540.63530.0097-0.066-0.01690.00420.06420.0076-0.0063-0.0312-0.07390.056-0.0089-0.05640.0859-0.00210.0583-2.821-14.48713.262
20.1292-0.2096-0.17270.28760.36440.5810.03480.01640.0182-0.05060.0053-0.0254-0.0799-0.0359-0.04010.0656-0.0032-0.0380.09620.00790.05341.1338.674-8.426
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 13628 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2BB225 - 41424 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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