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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t05 | ||||||
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タイトル | HIV-1 reverse transcriptase crosslinked to template-primer with tenofovir-diphosphate bound as the incoming nucleotide substrate | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / HIV-1 reverse transcriptase / tenofovir / RT-DNA complex / Transferase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Ding, J. / Arnold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Structures of HIV-1 RT-DNA complexes before and after incorporation of the anti-AIDS drug tenofovir 著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Naeger, L.K. / White, K.L. / Miller, M.D. / Gibbs, C.S. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Wang, G. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / ...著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Clark Jr., A.D. / Ding, J. / Naeger, L.K. / White, K.L. / Miller, M.D. / Gibbs, C.S. / Boyer, P.L. / Clark, P. / Wang, G. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Jerina, D.M. / Hughes, S.H. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUE MRG 817 OF THE P CHAIN IS CROSSLINKED TO CHAIN A RESIDUE C258. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1t05.cif.gz | 236.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1t05.ent.gz | 183.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1t05.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1t05_validation.pdf.gz | 810.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1t05_full_validation.pdf.gz | 902.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1t05_validation.xml.gz | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1t05_validation.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/1t05 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Oligonucleotide ... , 2種, 2分子 TP
#1: DNA鎖 | 分子量: 8383.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6474.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: chemically modified with thiol-dGMP and enzymatically terminated with ddGTP |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 64249.660 Da / 分子数: 1 / Fragment: HIV-1 reverse transcriptase p66 subunit / Mutation: Q258C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: BH10 / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 51123.629 Da / 分子数: 1 / Fragment: HIV-1 reverse transcriptase p51 subunit / Mutation: C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: BH10 / 遺伝子: POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P04585, RNA-directed DNA polymerase |
-非ポリマー , 4種, 29分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-TNV / [ | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 50 mM MES, pH 6.4, 100 mM ammonium sulfate, 5% sucrose, 5% glycerol, 10% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月12日 / 詳細: wiggler |
放射 | モノクロメーター: wiggler / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. obs: 52624 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 2649 / % possible all: 50.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RTD 解像度: 3→20 Å / σ(F): 1.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.05 Å /
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