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- PDB-1szm: DUAL BINDING MODE OF BISINDOLYLMALEIMIDE 2 TO PROTEIN KINASE A (PKA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1szm
タイトルDUAL BINDING MODE OF BISINDOLYLMALEIMIDE 2 TO PROTEIN KINASE A (PKA)
要素cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / PKA / PKC / bisindolyl maleimide 2 / LY333531 / selectivity / surrogate kinase / amino acid residue exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / RET signaling / AURKA Activation by TPX2 / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Mitochondrial protein degradation / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of TORC1 signaling / protein kinase A signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BI4 / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gassel, M. / Breitenlechner, C.B. / Koenig, N. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The protein kinase C inhibitor bisindolyl maleimide 2 binds with reversed orientations to different conformations of protein kinase a.
著者: Gassel, M. / Breitenlechner, C.B. / Koenig, N. / Huber, R. / Engh, R.A. / Bossemeyer, D.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Staurosporine-induced conformational changes of cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit explain inhibitory potential.
著者: Prade, L. / Engh, R.A. / Girod, A. / Kinzel, V. / Huber, R. / Bossemeyer, D.
履歴
登録2004年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN Atom names used for BIM2 in this entry were chosen to comply with PDB ENTRY 1UU3. They ...HETEROGEN Atom names used for BIM2 in this entry were chosen to comply with PDB ENTRY 1UU3. They correspond to atom names used in the original CITATION AND REFERENCE 1 in the following manner: CAA=C3, CAB=C2, CAC=C1, CAD=C23, CAE=C5, CAF=C4, CAG=C22, NAH=N6, CAI=C21, CAJ=C17, CAK=C16, CAL=C8, CAM=C15, CAN=C10, NAO=N9, CAP=C14, CAQ=C13, CAR=C12, CAS=C11, CAT=C20, NAU=N19, CAV=C18, CAW=C7, OAX=O32, CAY=C24 , OAZ=O33, CBA=C25, CBB=C26, NBC=N30, CBD=C31, CBE=C27, CBF=C28, CBG=C29,

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
B: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4324
ポリマ－81,5552
非ポリマー8772
水1,42379
1
A: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2162
ポリマ－40,7771
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2162
ポリマ－40,7771
非ポリマー4391
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.065, 89.005, 116.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit / PKA C-alpha / PROTEIN KINASE A


分子量: 40777.426 Da / 分子数: 2 / 変異: V123A, L173M, Q181K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRKACA / プラスミド: pT7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物 ChemComp-BI4 / 3-(1H-INDOL-3-YL)-4-{1-[2-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)ETHYL]-1H-INDOL-3-YL}-1H-PYRROLE-2,5-DIONE


分子量: 438.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: LiCl, MesBisTris, methanol, MEGA-8, PKI(5-24), pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.7 Å / Num. all: 31110 / Num. obs: 30100 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.571 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4(MOLREP)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1STC

1stc


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 11.441 / SU ML: 0.257 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1524 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all0.234 28506 --
obs0.234 28506 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5181 0 66 79 5326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.9637309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.885311082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7865638
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.25439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.731.53191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36425116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88432200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0694.52193
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.383 115
Rwork0.317 2047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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