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- PDB-1sy6: Crystal Structure of CD3gammaepsilon Heterodimer in Complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sy6
タイトルCrystal Structure of CD3gammaepsilon Heterodimer in Complex with OKT3 Fab Fragment
要素
  • OKT3 Fab heavy chain
  • OKT3 Fab light chain
  • T-cell surface glycoprotein CD3 gamma/epsilon chain
キーワードsignaling protein/antibiotic / CD3 gamma / CD3 epsilon / OKT3 Fab / signaling protein-antibiotic COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of T cell anergy / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / establishment or maintenance of cell polarity / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of interleukin-4 production / dendrite development / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell activation / cerebellum development / negative regulation of smoothened signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Downstream TCR signaling / cell-cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / protein transport / T cell receptor signaling pathway / signaling receptor complex adaptor activity / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / dendritic spine / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / : / Immunoglobulin subtype 2 ...CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / Igh protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kjer-Nielsen, L. / Dunstone, M.A. / Kostenko, L. / Ely, L.K. / Beddoe, T. / Misfud, N.A. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the human T cell receptor CD3(epsilon)(gamma) heterodimer complexed to the therapeutic mAb OKT3.
著者: Kjer-Nielsen, L. / Dunstone, M.A. / Kostenko, L. / Ely, L.K. / Beddoe, T. / Mifsud, N.A. / Purcell, A.W. / Brooks, A.G. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
履歴
登録2004年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE The sequence of OKT3 Fab light chain and heavy chain are not available in any of the ...SEQUENCE The sequence of OKT3 Fab light chain and heavy chain are not available in any of the database. The protein T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD3 Gamma/epsilon CHAIN has original sequence 0-81 of gamma chain bond to sequence 1-96 of epsilon chain with 26 residues linker (GSADDAKK DAAKKDDAKK DDAKKDGS) in between.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: OKT3 Fab light chain
H: OKT3 Fab heavy chain
A: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma/epsilon chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1603
ポリマ－70,1603
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.702, 55.770, 96.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 OKT3 Fab light chain


分子量: 23378.695 Da / 分子数: 1 / 断片: fab fragment light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 OKT3 Fab heavy chain


分子量: 23840.611 Da / 分子数: 1 / 断片: fab fragment heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6PJA7*PLUS
#3: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD3 gamma/epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 gamma/epsilon chain


分子量: 22940.545 Da / 分子数: 1 / 断片: CD3 epsilon/gamma ecto domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: this protein is composed of gamma and epsilon chains with 26 residues linker
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3G, T3G, CD3E, T3E / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL20 / 参照: UniProt: P09693, UniProt: P07766
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, potassium formate, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 323K, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 41156
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 61.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→50 Å
Rfactor反射数
Rfree0.255 -
Rwork0.211 -
all0.211 -
obs0.211 39510
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4651 0 0 0 4651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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