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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1swu | ||||||
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タイトル | STREPTAVIDIN MUTANT Y43F | ||||||
![]() | STREPTAVIDIN | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / BIOTIN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic resolution structure of biotin-free Tyr43Phe streptavidin: what is in the binding site? 著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 217.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 173.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1swaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13265.336 Da / 分子数: 4 / 変異: Y43F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET-210 , NOVAGEN, INC., MADISON,WI / 細胞株 (発現宿主): T7 EXPRESSION SYSTEM / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | |||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月18日 |
放射 | プロトコル: MONOCHROMATIC / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→50 Å / Num. obs: 149978 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 81 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 627749 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.2 Å / % possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.144 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1SWA 解像度: 1.14→10 Å / Num. parameters: 38361 / Num. restraintsaints: 48997 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (I>2SIGMA(I)) BY 0.05
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-218 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 41 / Occupancy sum hydrogen: 3331.3 / Occupancy sum non hydrogen: 3980.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.125 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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