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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ssp | ||||||
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タイトル | WILD-TYPE URACIL-DNA GLYCOSYLASE BOUND TO URACIL-CONTAINING DNA | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA GLYCOSYLASE / DNA BASE EXCISION REPAIR / URACIL / DNA / PROTEIN/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / isotype switching / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine ...base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / isotype switching / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / base-excision repair / damaged DNA binding / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parikh, S.S. / Mol, C.D. / Slupphaug, G. / Bharati, S. / Krokan, H.E. / Tainer, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Base excision repair initiation revealed by crystal structures and binding kinetics of human uracil-DNA glycosylase with DNA. 著者: Parikh, S.S. / Mol, C.D. / Slupphaug, G. / Bharati, S. / Krokan, H.E. / Tainer, J.A. #1: ![]() タイトル: A Nucleotide-Flipping Mechanism from the Structure of Human Uracil-DNA Glycosylase Bound to DNA 著者: Slupphaug, G. / Mol, C.D. / Kavli, B. / Arvai, A.S. / Krokan, H.E. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2892.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3399.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMPLEXED WITH URACIL |
#3: タンパク質 | 分子量: 25544.137 Da / 分子数: 1 / Fragment: MITOCHONDRIAL / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-URA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 100 MM HEPES PH 6.5, 10% DIOXANE, 1 MM DITHIOTHREITOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 1997年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 30394 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 87.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 105498 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AKZ 解像度: 1.9→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 30363 / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.268 |