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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1srp | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL ANALYSIS OF SERRATIA PROTEASE | ||||||
![]() | SERRALYSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE (METALLOPROTEASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() serralysin / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Hamada, K. / Hiramatsu, H. / Katsuya, Y. / Hata, Y. / Katsube, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Serratia protease, a zinc-dependent proteinase from Serratia sp. E-15, containing a beta-sheet coil motif at 2.0 A resolution. 著者: Hamada, K. / Hata, Y. / Katsuya, Y. / Hiramatsu, H. / Fujiwara, T. / Katsube, Y. #1: ![]() タイトル: Structural Studies of Serratia Protease by X-Ray Analysis 著者: Hamada, K. / Hiramatsu, H. / Fujiwara, T. / Katsuya, Y. / Hata, Y. / Katsube, Y. #2: ![]() タイトル: Preliminary X-Ray Studies on Serratia Protease 著者: Katsuya, Y. / Hamada, K. / Hata, Y. / Tanaka, N. / Sato, M. / Katsube, Y. / Katiuchi, K. / Miyata, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SEVEN CALCIUM IONS, RESIDUES CA 911 - CA 917, ARE LIGATED TO THE PROTEIN. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50493.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.61 % | ||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 67 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | Num. obs: 42930 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 0 |
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解析
ソフトウェア | 名称: GPRLSA / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 38044 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |