PDB-1soy: Solution structure of the bacterial frataxin orthologue, CyaY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1soy

タイトル

Solution structure of the bacterial frataxin orthologue, CyaY

要素

CyaY protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Frataxin / Friedreich's ataxia iron binding

機能・相同性

機能・相同性情報

iron-sulfur cluster assembly / ferric iron binding / ferrous iron binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Nair, M. / Adinolfi, S. / Pastore, C. / Kelly, G. / Temussi, P. / Pastore, A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of the Bacterial Frataxin Ortholog, CyaY; Mapping the Iron Binding Sites
著者: Nair, M. / Adinolfi, S. / Pastore, C. / Kelly, G. / Temussi, P. / Pastore, A.

履歴

登録	2004年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1soy.cif.gz	646.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1soy.ent.gz	538.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1soy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1soy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/1soy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1s6n-d 5a15-15 4zg1-1 3dj3-4 3c0d-8 2mjm-d 5lay-2 5m3g-3 4dy5-3 6xxn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5792Chemical shift data for bacterial frataxin orthologue

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CyaY protein

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 250	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	CyaY protein 分子量: 12370.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CYAY, B3807 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27838

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	HNHA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5mM CyaY U-15N,13C, 50mM Phosphate buffer, 150mM KCl, 1mM DTT, 0.05%NaN3	90% H2O/10% D2O
2	0.5mM CyaY 15N, 50mM Phosphate buffer, 150mM KCl, 1mM DTT, 0.05%NaN3	90% H2O/10% D2O

試料状態

イオン強度: 150mM KCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY	Varian	UNITY	500	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	600	2
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	3
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	1.0.6	Guntert	構造決定
X-PLOR	2.8.1	Brunger	精密化
NMRPipe	3/2002	Delaglio	解析
XEASY	1.2	Bartels	データ解析
Sparky	3	Goddard T.D.	データ解析
MOLMOL	2K.1	Koradi	データ解析

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures are based on a total of 902 NOE distance restraints, 138 dihedral angle restraints and 46 hydrogen bond restraints

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)