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万見
- PDB-1so9: Solution Structure of apoCox11, 30 structures -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1so9
タイトルSolution Structure of apoCox11, 30 structures
要素Cytochrome C oxidase assembly protein ctaG
キーワードMETAL TRANSPORT / immunoglobulin-like fold / copper protein / cytochrome c oxidase assembly / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex IV assembly / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ctag/Cox11 (Pfam 04442) / Ctag/Cox11 / Cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11 / Cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11, domain superfamily / Cytochrome c oxidase assembly protein CtaG/Cox11 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase assembly protein CtaG
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
データ登録者Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Gonnelli, L. / Mangani, S. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of Cox11, a Novel Type of {beta}-Immunoglobulin-like Fold Involved in CuB Site Formation of Cytochrome c Oxidase.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Cantini, F. / Ciofi-Baffoni, S. / Gonnelli, L. / Mangani, S.
履歴
登録2004年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome C oxidase assembly protein ctaG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3881
ポリマ－18,3881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 400target function
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome C oxidase assembly protein ctaG


分子量: 18388.088 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal soluble domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: CTAG, R00908, SMC00012 / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92RG6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
1232D TOCSY
1313D 15N-separated NOESY
141HNHA
1523D 13C-separated NOESY
16213C (H)CCH-TOCSY
172CBCA(CO)NH
182CBCANH
192HNCO
1102HN(CA)CO
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using 3D heteronuclear techniques. The 500 MHz spectrometer was equipped with a triple resonance cryoprobe. All the triple resonance (TXI 5-mm) probes used were ...Text: This structure was determined using 3D heteronuclear techniques. The 500 MHz spectrometer was equipped with a triple resonance cryoprobe. All the triple resonance (TXI 5-mm) probes used were equipped with Pulsed Field Gradients along the z-axis.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM apoCox11 U-15N; 5mM DTT; 20 mM phosphate buffer NA90% H2O/10% D2O
21 mM apoCox11 U-95% 13C,U-98% 15N; 5 mM DTT; 20 mM phosphate buffer NA90% H2O/10% D2O
32 mM unlabelled apoCox11; 5 mM DTT; 20 mM phosphate buffer NA90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン分類
XwinNMRcollection
XEASY1.3データ解析
DYANA1.5構造決定
CYANA1構造決定
Amber5精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures were based on a total of 2867 meaningful distance constraints, 130 dihedral angle restraints.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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