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- PDB-5lvy: Structural studies of the Aggregative Adherence Fimbriae of Enter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvy
タイトルStructural studies of the Aggregative Adherence Fimbriae of Enteroaggregative Escherichia coli
要素Adhesin protein
キーワードCELL ADHESION / Aggregative adherence fimbriae / donor strand complementation / EAEC / E. coli / fibronectin
機能・相同性Adhesin protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O111:H21 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Liu, B. / Matthews, S.
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structural and functional studies of Escherichia coli aggregative adherence fimbriae (AAF/V) reveal a deficiency in extracellular matrix binding.
著者: Jnsson, R. / Liu, B. / Struve, C. / Yang, Y. / Jrgensen, R. / Xu, Y. / Jenssen, H. / Krogfelt, K.A. / Matthews, S.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_nmr_representative ...atom_site / pdbx_nmr_representative / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_sheet_range
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4931
ポリマ－16,4931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Adhesin protein


分子量: 16493.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O111:H21 (大腸菌)
遺伝子: aaf5A
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: C9K5V2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HNCO
131isotropic23D HN(CO)CA
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D CBCA(CO)NH
191isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-13C NOESY
161isotropic23D HBHA(CO)NH
1101isotropic23D H(CCO)NH
1111isotropic23D H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM U sodium acetate, 50 nM U sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMsodium acetateU1
50 nMsodium chlorideU1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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