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- PDB-1snl: NMR Solution Structure of the Calcium-binding Domain of Nucleobin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1snl
タイトルNMR Solution Structure of the Calcium-binding Domain of Nucleobindin (CALNUC)
要素Nucleobindin 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-HAND / CALCIUM-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


small GTPase-mediated signal transduction / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / G-protein alpha-subunit binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / Golgi apparatus / extracellular space ...small GTPase-mediated signal transduction / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / G-protein alpha-subunit binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / Golgi apparatus / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleobindin / NUCB1-like, N-terminal domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Nucleobindin / NUCB1-like, N-terminal domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing
データ登録者de Alba, E. / Tjandra, N.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structural Studies on the Ca(2+)-binding Domain of Human Nucleobindin (Calnuc).
著者: De Alba, E. / Tjandra, N.
履歴
登録2004年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleobindin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4201
ポリマ－12,4201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Nucleobindin 1 / CALNUC


分子量: 12419.804 Da / 分子数: 1 / 断片: calcium-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: contains EF-hand 1 and EF-hand 2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUCB1, NUC / プラスミド: PET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON PLUS RP / 参照: UniProt: Q02818

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC, 3D-15N separated-NOESY
1224D-15N,13C separated NOESY, HNCO, CBCA(CO)NH, HN(CA)CB, HCONHCCONH
1334D-13C,13C separated NOESY,(H)CCH-TOCSY
144HNCO, HCACONH, 13C-HSQC JMOD

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM Ca-binding domain of nucleobindin, U-15N, 5mM CaCl2, 0.1mM NaN3, pH 6.890% H2O/10% D2O
21mM Ca-binding domain of nucleobindin, U-15N,U-13C, 5mM CaCl2, 0.1mM NaN3, pH 6.890% H2O/10% D2O
31mM Ca-binding domain of nucleobindin, U-15N,U-13C, 5mM CaCl2, 0.1mM NaN3, pH 6.8100% D2O
40.7mM Ca-binding domain of nucleobindin, U-15N,U-13C, 5mM CaCl2, 0.1mM NaN3, pH 6.890% H2O, 10% D2O, Pf1 bacteriophage
試料状態イオン強度: 5 mM CaCl2, 0.1 mM NaN3, 5mM KCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMR2.5Brukercollection
XwinNMR2.5Brukerデータ解析
NMRPipe2.1Delaglio, F.解析
PIPP4.2.8Garrett, D.データ解析
XPLOR-NIH2.9.3Schwieters, kuszewski, Tjandra, Clore精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Residual dipolar couplings used for structure refinement. Residues 1-17, 47-63, 95-99 are flexible and were not considered in the superposition of the 20 structures.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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