PDB-2hfv: Solution NMR Structure of Protein RPA1041 from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hfv

タイトル

Solution NMR Structure of Protein RPA1041 from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium Target PaT90.

要素

Hypothetical Protein RPA1041

仮説

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NESG / GFT-NMR / alpha+beta / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

urea metabolic process / nickel cation binding / protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

溶液NMR / Refinement in explicit water bath

データ登録者

Eletsky, A. / Atreya, H.S. / Liu, G. / Sukumaran, D. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Solution NMR Structure of Pseudomonas aeruginosa Hypothetical Protein RPA1041
著者: Eletsky, A. / Atreya, H.S. / Liu, G. / Sukumaran, D. / Garcia, M. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T.

履歴

登録	2006年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

Remark 999

SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hfv.cif.gz	639.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hfv.ent.gz	559.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hfv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1snl-d 3so2-d 3g9w-2 1v5q-d 6fpv-d 1idr-d 6z96-d 6x1h-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pat90 BMRB: 7191

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical Protein RPA1041

10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical Protein RPA1041 / 仮説分子量: 10615.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q6NAY9

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N,13C-separated NOESY
1	2	1	(4,3)D GFT HNNCABCA
1	3	1	(4,3)D GFT CABCA(CO)NHN
1	4	1	3D HAB(CO)NH
1	5	1	(4,3)D GFT (H)CCH-COSYali
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSYali

-
試料調製

詳細	内容: 10 mM MOPS, 450 mM NaCl, ~10 uM ZnSO4, 10 mM DTT, 0.01% NaN3, 1mM benzamidine, 1x inhibitor cocktail, 90% H2O / 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 450 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian, Inc.	collection
XEASY	1.3.13	Bartels, Ch.	データ解析
CARA	1.5.3	Keller, R.	データ解析
CYANA	2.1	Guentert, P.	構造決定
CNS	1.1	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
AutoStructure	2.0.0	Huang, Y. J.	構造決定
PROSA	6	Guentert, P.	解析

精密化

手法: Refinement in explicit water bath / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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