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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sl8 | ||||||
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タイトル | Calcium-loaded apo-aequorin from Aequorea victoria | ||||||
要素 | Aequorin 1 | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / Photoprotein / obelin / bioluminescence / calcium binding / EF-hand / aequorin / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SAS / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005 タイトル: All three Ca2+-binding loops of photoproteins bind calcium ions: The crystal structures of calcium-loaded apo-aequorin and apo-obelin. 著者: Deng, L. / Vysotski, E.S. / Markova, S.V. / Liu, Z.J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.C. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 resolution determined directly from its sulfur substructure 著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.-J. / Rose, J. / Lee, J. / Wang, B.-C. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Preparation and preliminary study of crystals of the recombinant calcium-regulated photoprotein obelin from the bioluminescent hydroid Obelia longissima 著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Lee, J. #3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001 タイトル: Structural basis for the emission of violet bioluminescence from a W92F obelin mutant 著者: Deng, L. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Malikova, N.P. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Violet Bioluminescence and Fast Kinetics from W92F Obelin: Structure-Based Proposals for the Bioluminescence Triggering and the Identification of the Emitting Species 著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Blinks, J. / Deng, L. / Frank, L.A. / Herko, M. / Malikova, N.P. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Lee, J. #5: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003 タイトル: Atomic resolution structure of obelin: Soaking with calcium enhances electron density of the second oxygen atom substituted at the C2-position of coelenterazine 著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Deng, L. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. #6: ジャーナル: To be Published タイトル: Preparation and X-ray Crystallographic Analysis of the Ca2+-discharged Photoprotein Obelin 著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Authors informed that there are several isoforms of this protein from the same species. ...SEQUENCE Authors informed that there are several isoforms of this protein from the same species. The conflict at residue 138 arises because their sequence is one of the isoforms. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sl8.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sl8.ent.gz | 39.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sl8_validation.pdf.gz | 415.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sl8_full_validation.pdf.gz | 416.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1sl8_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sl8_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/1sl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21888.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) プラスミド: pET19b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: P07164 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: modified microbatch / pH: 4.6 詳細: 30% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, modified microbatch, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 22954 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.38 / Net I/σ(I): 45.9 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SAS / 解像度: 1.7→50.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.588 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.473 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20 /
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