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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s36 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: Implications for the mechanisms of the calcium trigger and the bioluminescence | ||||||
![]() | Obelin | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / Photoprotein / obelin / bioluminescence / calcium binding / EF-hand / aequorin / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: implications for mechanisms of the calcium trigger and bioluminescence 著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. #1: ![]() タイトル: Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 resolution determined directly from its sulfur substructure 著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.-J. / Rose, J. / Lee, J. / Wang, B.-C. #2: ![]() タイトル: Preparation and preliminary study of crystals of the recombinant calcium-regulated photoprotein obelin from the bioluminescent hydroid Obelia longissima 著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Lee, J. #3: ![]() タイトル: Structural basis for the emission of violet bioluminescence from a W92F obelin mutant 著者: Deng, L. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Malikova, N.P. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. #4: ![]() タイトル: Violet Bioluminescence and Fast Kinetics from W92F Obelin: Structure-Based Proposals for the Bioluminescence Triggering and the Identification of the Emitting Species 著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Blinks, J. / Deng, L. / Frank, L.A. / Herko, M. / Malikova, N.P. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Lee, J. #5: ![]() タイトル: Atomic resolution structure of obelin: Soaking with calcium enhances electron density of the second oxygen atom substituted at the C2-position of coelenterazine 著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Deng, L. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. #6: ![]() タイトル: Preparation and X-ray Crystallographic Analysis of the Ca2+-discharged Photoprotein Obelin 著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1jf2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22215.869 Da / 分子数: 1 / 変異: W92F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 149分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CEI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CEI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-CEI / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.5 詳細: 1.5 M tri-sodium citrate, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, modified microbatch, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月20日 / 詳細: Rigaku/msc HiRes2 |
放射 | モノクロメーター: Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→72.46 Å / Num. obs: 15775 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.91 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 1982 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 0.97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JF2 解像度: 1.96→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 3.274 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.388 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.957→2.008 Å / Total num. of bins used: 20 /
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