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- PDB-1sgv: STRUCTURE OF TRNA PSI55 PSEUDOURIDINE SYNTHASE (TRUB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgv
タイトルSTRUCTURE OF TRNA PSI55 PSEUDOURIDINE SYNTHASE (TRUB)
要素tRNA pseudouridine synthase B
キーワードLYASE / Hinged motion / tRNA modification / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification / peptidoglycan-based cell wall / RNA binding
類似検索 - 分子機能
tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 2, C-terminal / tRNA Pseudouridine synthase II, C terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain ...tRNA pseudouridine synthase II, TruB, subfamily 2, C-terminal / tRNA Pseudouridine synthase II, C terminal / tRNA pseudouridine synthase II, TruB / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / PUA domain superfamily / PUA-like superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chaudhuri, B.N. / Chan, S. / Perry, L.J. / Yeates, T.O. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the apo forms of psi 55 tRNA pseudouridine synthase from Mycobacterium tuberculosis: a hinge at the base of the catalytic cleft.
著者: Chaudhuri, B.N. / Chan, S. / Perry, L.J. / Yeates, T.O.
履歴
登録2004年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年3月2日ID: 1S71
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase B
B: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7222
ポリマ－67,7222
非ポリマー00
水8,125451
1
A: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8611
ポリマ－33,8611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA pseudouridine synthase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8611
ポリマ－33,8611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.948, 94.100, 78.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / Pseudouridylate synthase / Uracil hydrolyase


分子量: 33860.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: TRUB, RV2793C, MT2862.1, MTV002.58C, MB2816C / プラスミド: PET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-GOLD
参照: UniProt: P62190, UniProt: P9WHP7*PLUS, pseudouridylate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microseeding / pH: 7.5
詳細: AMMONIUM SULFATE, TRIS BUFFER, PEG3350, pH 7.5, temperature 298K, microseeding
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH8.
20.3 M1dropNaCl
320 mg/mlprotein1drop
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 MTris1reservoirpH8.5
625 %(w/v)PEG33501reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1.0322 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.2 Å / Num. obs: 51411 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Num. measured all: 184403
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1K8W protein component

1k8w


解像度: 1.9→40.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.491 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23947 2551 5 %RANDOM
Rwork0.20082 ---
obs0.20268 48859 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.35 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 0 451 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213963
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.9775359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4615524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3871.52607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74924150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25431356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2584.51209
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 182
Rwork0.28 3521
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6396-0.4657-2.31483.54391.88373.58840.23610.11230.322-0.75560.2168-0.5189-0.58070.0578-0.45280.256-0.03410.07230.1656-0.00860.160815.349-1.20525.371
23.9918-1.5462-1.8913.05371.11112.58420.07940.10920.0865-0.14180.01990.0934-0.05050.0046-0.09940.02380.013-0.04370.15830.020.1207-6.7583.98343.054
32.54810.52481.29547.89341.15995.40840.01350.43110.0949-1.25-0.0749-0.4293-0.0680.26170.06140.425-0.00390.10460.2329-0.01630.102915.546-21.79711.223
41.8267-0.29360.58493.519-0.78642.5150.0351-0.0604-0.16790.22160.09390.23550.0831-0.1744-0.1290.03510.0082-0.02560.1870.03460.0783-25.841.43255.738
53.3709-2.16323.41593.0932-3.52657.69190.02570.19110.03490.1507-0.0076-0.06830.0570.1773-0.01810.39570.0066-0.0510.24580.03490.0414-12.141-1.68681.034
63.3805-0.4302-1.06149.58490.46944.12230.06250.2676-0.1083-0.6904-0.0115-0.0416-0.1021-0.0294-0.0510.13420.0382-0.02530.14630.02310.0507-22.97622.36342.285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 713 - 71
2X-RAY DIFFRACTION1AA200 - 226200 - 226
3X-RAY DIFFRACTION2AA72 - 19972 - 199
4X-RAY DIFFRACTION3AA227 - 292227 - 292
5X-RAY DIFFRACTION4BB1 - 711 - 71
6X-RAY DIFFRACTION4BB200 - 226200 - 226
7X-RAY DIFFRACTION5BB72 - 19972 - 199
8X-RAY DIFFRACTION6BB227 - 294227 - 294
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 40.2 Å / Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg0.97
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg5.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.95 Å / Rfactor Rfree: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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